PDB-7wch: CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wch

タイトル

CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWA9 Fab

要素

SWA9H
SWA9L
Surface glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex / antibody

機能・相同性

Spike glycoprotein, N-terminal domain / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Du, S. / Xiao, J.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the SARS-CoV-2 S6P(B.1.617.2) in complex with SWA9 Fab
著者: Du, S. / Xiao, J.Y.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wch.cif.gz	654.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wch.ent.gz	520.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wch_validation.pdf.gz	977.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wch_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7wch_validation.xml.gz	97.8 KB	表示
CIF形式データ	7wch_validation.cif.gz	148.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32422MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Surface glycoprotein

B: Surface glycoprotein

D: SWA9H

E: SWA9L

G: Surface glycoprotein

H: SWA9H

L: SWA9L

M: SWA9H

N: SWA9L

536 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Surface glycoprotein 分子量: 142238.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8B1VBI1
#2: 抗体	SWA9H 分子量: 24304.322 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	SWA9L 分子量: 12182.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: S6P(B.1.617.2) in complex with SWA9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.2
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324843 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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