[日本語] English
万見
- PDB-7wca: CATPO mutant - E484A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wca
タイトルCATPO mutant - E484A
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase / phenol oxidase / lateral channel / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain ...C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycothermus thermophilus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Yuzugullu Karakus, Y. / Balci Unver, S. / Zengin Karatas, M. / Goc, G. / Pearson, A.R. / Yorke, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government113Z744
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Investigation of how gate residues in the main channel affect the catalytic activity of Scytalidium thermophilum catalase.
著者: Yuzugullu Karakus, Y. / Goc, G. / Zengin Karatas, M. / Balci Unver, S. / Yorke, B.A. / Pearson, A.R.
履歴
登録2021年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,00142
ポリマ－317,4164
非ポリマー8,58538
水33,2561846
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area64750 Å2
ΔGint-445 kcal/mol
Surface area73550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.790, 120.200, 184.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1135-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 79354.016 Da / 分子数: 4 / 変異: E484A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycothermus thermophilus (菌類)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: M4GGR7, catalase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG400, Potassium chloride, Calcium chloride, Sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→46.43 Å / Num. obs: 250722 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.084 / Num. unique obs: 250722

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS3.27データ削減
MOLREP11.7.03位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AUM

4aum


解像度: 1.78→46.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.144 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 12365 4.9 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
obs0.1635 238356 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.74 Å2 / Biso mean: 21.029 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20.04 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21108 0 566 1846 23520
Biso mean--49.25 24.5 -
残基数----2711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01322343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01720007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.65930302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3871.5846408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5152735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79422.0571254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.202153331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.17115160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0225382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024982
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 916 -
Rwork0.314 17636 -
all-18552 -
obs--98.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る