[日本語] English
万見
- PDB-7wbo: Crystal structure of Sarcoplasmic Calcium-Binding Protein from Sc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wbo
タイトルCrystal structure of Sarcoplasmic Calcium-Binding Protein from Scylla paramamosain
要素Sarcoplasmic calcium-binding protein
キーワードALLERGEN / allergy / Scylla paramamosain / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Sarcoplasmic calcium-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Scylla paramamosain (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, Y. / Jin, T. / Liu, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure Analysis of Sarcoplasmic-Calcium-Binding Protein: An Allergen in Scylla paramamosain.
著者: Chen, Y. / Jin, T. / Li, M. / Yun, X. / Huan, F. / Liu, Q. / Hu, M. / Wei, X. / Zheng, P. / Liu, G.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,97813
ポリマ－22,3601
非ポリマー61812
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.121, 46.893, 64.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Sarcoplasmic calcium-binding protein / SCP


分子量: 22360.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scylla paramamosain (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2DDG2
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (v/v) PEG 3350, 0.2M NH4Cl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 24946 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique obs: 1235 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.048 / % possible all: 95.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.605
最高解像度最低解像度
Rotation40.48 Å1.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AKA

3aka


解像度: 1.6→40.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2156 / WRfactor Rwork: 0.175 / FOM work R set: 0.8991 / SU B: 1.246 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0818 / SU Rfree: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1855 1162 4.7 %RANDOM
Rwork0.1486 ---
obs0.1504 23796 95.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.7 Å2 / Biso mean: 14.713 Å2 / Biso min: 5.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1544 0 33 250 1827
Biso mean--25.36 29.77 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8321.6462137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6161.5953408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1065192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.50323.87193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65615272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.191158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02383
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 70 -
Rwork0.145 1723 -
all-1793 -
obs--93.73 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る