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- PDB-7wat: The Crystal Structure of Bifunctional Miltiradiene Synthase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wat
タイトルThe Crystal Structure of Bifunctional Miltiradiene Synthase from Selaginella moellendorffii
要素Bifunctional diterpene synthase
キーワードPLANT PROTEIN / bifunctional terpene synthase / GGPP / CPP / miltiradiene
機能・相同性
機能・相同性情報


miltiradiene synthase / miltiradiene synthase activity / miltiradiene biosynthetic process / 5alpha,9alpha,10beta-labda-8(20),13-dien-15-yl diphosphate catabolic process / 5alpha,9alpha,10beta-labda-8(20),13-dien-15-yl diphosphate biosynthetic process / copalyl diphosphate synthase activity / copalyl diphosphate synthase / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase - #160 / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Glycosyltransferase - #160 / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional diterpene synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ma, X. / Tong, Y. / Jiang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670750 中国
引用ジャーナル: Plant Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic insights into the precise product synthesis by a bifunctional miltiradiene synthase.
著者: Tong, Y. / Ma, X. / Hu, T. / Chen, K. / Cui, G. / Su, P. / Xu, H. / Gao, W. / Jiang, T. / Huang, L.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Bifunctional diterpene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5421
ポリマ－91,5421
非ポリマー00
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area33210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.788, 83.530, 192.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional diterpene synthase / Copalyl diphosphate synthase / Miltiradiene synthase / SmMDS / Terpene synthase 4 / SmTPS4


分子量: 91542.477 Da / 分子数: 1 / 変異: A136P, L264I, D314G, P409T, R632K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
遺伝子: MDS
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G9MAN7, copalyl diphosphate synthase, miltiradiene synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.5) 22% (v/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 57086 / % possible obs: 93.01 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 35.99 Å2 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 5031 / Rpim(I) all: 0.663

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S9V

3s9v


解像度: 2→48.24 Å / SU ML: 0.2568 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9857 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1999 3.5 %
Rwork0.1928 55038 -
obs0.1941 57037 93.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 0 397 6672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81928714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.91642367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.35421240.31713411X-RAY DIFFRACTION81.53
2.05-2.110.31051330.27883638X-RAY DIFFRACTION88.4
2.11-2.170.29071340.24313696X-RAY DIFFRACTION88.53
2.17-2.240.33191350.22613705X-RAY DIFFRACTION88.56
2.24-2.320.21471360.21573755X-RAY DIFFRACTION89.22
2.32-2.410.25671380.2043797X-RAY DIFFRACTION91.36
2.41-2.520.25721390.1973829X-RAY DIFFRACTION90.97
2.52-2.660.23781410.19253920X-RAY DIFFRACTION93.68
2.66-2.820.23721480.19354039X-RAY DIFFRACTION96.25
2.82-3.040.2631490.19434123X-RAY DIFFRACTION97.56
3.04-3.350.25091510.19214145X-RAY DIFFRACTION97.48
3.35-3.830.20931530.17534219X-RAY DIFFRACTION99.34
3.83-4.830.19811560.15634298X-RAY DIFFRACTION99.53
4.83-48.240.20321620.20174463X-RAY DIFFRACTION98.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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