PDB-7wap: Mevo lectin mutant D134A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wap

タイトル

Mevo lectin mutant D134A

要素

Mevo lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Mevo lectin / heptamer / archeal lectin

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain superfamily / Jacalin-type lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae A3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mevo lectin mutant D134A
著者: Sivaji, N. / Vijayan, M.

履歴

登録	2021年12月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wap.cif.gz	365.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wap.ent.gz	294.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Mevo lectin

G: Mevo lectin

A: Mevo lectin

D: Mevo lectin

E: Mevo lectin

F: Mevo lectin

C: Mevo lectin

H: Mevo lectin

I: Mevo lectin

J: Mevo lectin

K: Mevo lectin

L: Mevo lectin

M: Mevo lectin

N: Mevo lectin

220 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Mevo lectin

G: Mevo lectin

A: Mevo lectin

D: Mevo lectin

E: Mevo lectin

F: Mevo lectin

C: Mevo lectin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
110 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Mevo lectin

I: Mevo lectin

J: Mevo lectin

K: Mevo lectin

L: Mevo lectin

M: Mevo lectin

N: Mevo lectin

登録者が定義した集合体
110 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.810, 169.260, 160.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Mevo lectin 分子量: 15739.802 Da / 分子数: 14 / 変異: D134A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanococcus voltae A3 (古細菌) / 株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9799 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→84.63 Å / Num. obs: 118097 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 14028 / CC_1/2: 0.929

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BSB

7bsb

解像度: 3.1→84.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.541 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2748	2114	5.086 %
R_work	0.2278	39452	-
all	0.23	-	-
obs	-	41566	91.491 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.741 Å²	0 Å²	-5.685 Å²
2-	-	-6.978 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.482 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→84.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14478	0	0	0	14478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	14738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	13557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.989	1.636	19924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.559	1.579	31367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.615	5	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.902	24.096	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.738	15	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.7	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	16650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	12157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	6185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.405	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.453	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.743	4.587	7784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.743	4.587	7783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.372	6.878	9702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.371	6.879	9703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.48	5.014	6954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.479	5.014	6955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.108	7.334	10222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.109	7.334	10222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.41	51.619	14767
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.409	51.622	14768
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	3723
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.097	0.05	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.095	0.05	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.095	0.05	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.09	0.05	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.098	0.05	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.091	0.05	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.094	0.05	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.106	0.05	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.097	0.05	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.095	0.05	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.099	0.05	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.144	0.05	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.098	0.05	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.094	0.05	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.105	0.05	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.1	0.05	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.097	0.05	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.094	0.05	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.094	0.05	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.103	0.05	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.102	0.05	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.111	0.05	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.101	0.05	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.135	0.05	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.092	0.05	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.087	0.05	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.068	0.05	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.088	0.05	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.086	0.05	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.091	0.05	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.085	0.05	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.103	0.05	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.096	0.05	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.074	0.05	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.128	0.05	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.092	0.05	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.087	0.05	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.092	0.05	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.089	0.05	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.085	0.05	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.093	0.05	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.089	0.05	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.107	0.05	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.086	0.05	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.138	0.05	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.073	0.05	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.087	0.05	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.094	0.05	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.1	0.05	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.097	0.05	3770
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.101	0.05	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.071	0.05	3997
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.082	0.05	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.133	0.05	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.081	0.05	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.078	0.05	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.086	0.05	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.083	0.05	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.099	0.05	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.086	0.05	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.064	0.05	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.131	0.05	3782
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.094	0.05	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.094	0.05	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.093	0.05	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_67	0.098	0.05	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_68	0.094	0.05	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_69	0.081	0.05	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_70	0.129	0.05	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_71	0.081	0.05	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_72	0.096	0.05	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_73	0.094	0.05	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_74	0.103	0.05	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_75	0.085	0.05	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_76	0.136	0.05	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_77	0.1	0.05	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_78	0.097	0.05	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_79	0.102	0.05	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_80	0.091	0.05	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_81	0.138	0.05	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_82	0.09	0.05	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_83	0.104	0.05	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_84	0.088	0.05	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_85	0.125	0.05	3717
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_86	0.106	0.05	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_87	0.101	0.05	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_88	0.137	0.05	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_89	0.092	0.05	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_90	0.14	0.05	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_91	0.127	0.05	3766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.181	0.358	110	0.341	2478	X-RAY DIFFRACTION	77.7177
3.181-3.268	0.381	149	0.322	2530	X-RAY DIFFRACTION	81.9767
3.268-3.362	0.299	158	0.301	2572	X-RAY DIFFRACTION	85.1528
3.362-3.466	0.278	136	0.24	2515	X-RAY DIFFRACTION	87.2326
3.466-3.579	0.292	146	0.262	2551	X-RAY DIFFRACTION	88.6879
3.579-3.705	0.272	140	0.245	2454	X-RAY DIFFRACTION	90.6359
3.705-3.845	0.343	124	0.239	2506	X-RAY DIFFRACTION	93.7611
3.845-4.002	0.285	175	0.224	2354	X-RAY DIFFRACTION	94.6836
4.002-4.179	0.249	151	0.207	2335	X-RAY DIFFRACTION	96.4688
4.179-4.383	0.245	96	0.183	2299	X-RAY DIFFRACTION	96.8851
4.383-4.62	0.207	117	0.181	2164	X-RAY DIFFRACTION	96.2854
4.62-4.9	0.201	98	0.16	2015	X-RAY DIFFRACTION	96.484
4.9-5.238	0.204	128	0.168	1897	X-RAY DIFFRACTION	95.8353
5.238-5.657	0.319	71	0.22	1796	X-RAY DIFFRACTION	97.0374
5.657-6.197	0.32	65	0.233	1662	X-RAY DIFFRACTION	96.8592
6.197-6.927	0.25	61	0.208	1519	X-RAY DIFFRACTION	96.518
6.927-7.996	0.251	62	0.187	1342	X-RAY DIFFRACTION	96.4286
7.996-9.787	0.33	53	0.23	1112	X-RAY DIFFRACTION	96.9218
9.787-13.815	0.198	27	0.225	878	X-RAY DIFFRACTION	95.9703
13.815-84.6	0.32	47	0.35	473	X-RAY DIFFRACTION	95.7643

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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