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- PDB-7wak: Glutamyl-tRNA synthetase from Plasmodium falciparum (PfERS) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wak
タイトルGlutamyl-tRNA synthetase from Plasmodium falciparum (PfERS) in complex with ADP
要素Glutamyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / ERS / GluRS / GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETAS / AMINOACYLATION / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl glutamyl tRNA synthetase complex / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / : / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain ...Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / : / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / glutamate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.782 Å
データ登録者Sharma, V. / Manickam, Y. / Babbar, P. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)PR32713 インド
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of glutamyl-tRNA synthetase (GluRS) from Plasmodium falciparum.
著者: Sharma, V.K. / Chhibber-Goel, J. / Yogavel, M. / Sharma, A.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1728
ポリマ－61,3291
非ポリマー8437
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)161.210, 46.470, 94.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA synthetase


分子量: 61329.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1349200 / プラスミド: pETM41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDK7, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→48.645 Å / Num. obs: 16637 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1109 / CC1/2: 0.61 / Rrim(I) all: 1.467 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc1_3423精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NYL

1nyl


解像度: 2.782→48.645 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 832 5 %
Rwork0.1946 15796 -
obs0.1971 16628 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.12 Å2 / Biso mean: 77.3337 Å2 / Biso min: 44.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.782→48.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3811 0 48 6 3865
Biso mean--70.26 57.47 -
残基数----481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.782-2.95620.33511320.2736251596
2.9562-3.18440.3211380.24122612100
3.1844-3.50480.26151390.20852644100
3.5048-4.01170.24681380.18342623100
4.0117-5.05350.17721410.15462673100
5.0535-48.6450.26031440.20692729100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.375 Å / Origin y: -10.7171 Å / Origin z: 19.9806 Å
111213212223313233
T0.5841 Å20.0112 Å2-0.0223 Å2-0.6051 Å2-0.0336 Å2--0.6583 Å2
L0.4492 °20.0897 °2-0.1305 °2-1.3122 °21.7765 °2--3.6226 °2
S-0.0072 Å °-0.1924 Å °0.0491 Å °-0.0287 Å °0.2807 Å °-0.1574 Å °-0.2013 Å °0.4257 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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