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- PDB-7wa4: Crystal structure of GIGANTEA in complex with LKP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wa4
タイトルCrystal structure of GIGANTEA in complex with LKP2
要素
  • Adagio protein 2
  • Protein GIGANTEA
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / GI / LOV domain / Flavin-mononucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-day photoperiodism, flowering / temperature compensation of the circadian clock / red, far-red light phototransduction / response to far red light / response to blue light / flower development / photoreceptor activity / Cajal body / response to cold / regulation of circadian rhythm ...positive regulation of long-day photoperiodism, flowering / temperature compensation of the circadian clock / red, far-red light phototransduction / response to far red light / response to blue light / flower development / photoreceptor activity / Cajal body / response to cold / regulation of circadian rhythm / response to hydrogen peroxide / circadian rhythm / rhythmic process / cell differentiation / protein ubiquitination / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GIGANTEA / Kelch repeat type 2 / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Galactose oxidase, central domain / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / PAS domain / Kelch-type beta propeller ...GIGANTEA / Kelch repeat type 2 / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Galactose oxidase, central domain / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / PAS domain / Kelch-type beta propeller / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Adagio protein 2 / Protein GIGANTEA
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Pathak, D. / Dahal, P. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of the regulation of blue-light receptors by GIGANTEA.
著者: Kwon, E. / Pathak, D. / Dahal, P. / Tandukar, S. / Jung, H.S. / Kim, W.Y. / Kim, D.Y.
履歴
登録2021年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein GIGANTEA
B: Adagio protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2163
ポリマ－104,7602
非ポリマー4561
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.750, 104.750, 232.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein GIGANTEA


分子量: 89438.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GI, At1g22770, T22J18.6 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SQI2
#2: タンパク質 Adagio protein 2 / F-box only protein 2c / FBX2c / Flavin-binding kelch repeat F-box protein 1-like protein 1 / FKF1- ...F-box only protein 2c / FBX2c / Flavin-binding kelch repeat F-box protein 1-like protein 1 / FKF1-like protein 1 / LOV kelch protein 2


分子量: 15321.668 Da / 分子数: 1 / Fragment: LKP2 LOV domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADO2, FKL1, LKP2, At2g18915, F19F24.11 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W420
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 12% MPD, 3%(v/v) PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M imidazole/HCl pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 18181 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.19 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / 冗長度: 9.49 % / Rmerge(I) obs: 1.241 / Num. unique obs: 4311 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→90.72 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 31.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2944 1727 10.01 %
Rwork0.2454 15526 -
obs0.2503 17253 95.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.22 Å2 / Biso mean: 47.4344 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→90.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 31 0 4999
Biso mean--56.81 --
残基数----636
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.60.43861320.3521198133088
3.6-3.720.37451310.32931201133289
3.72-3.850.34861460.2911232137891
3.85-4.010.31031350.26181248138392
4.01-4.190.2891500.23471282143294
4.19-4.410.25051450.21141295144096
4.41-4.690.26761420.19951313145597
4.69-5.050.2471510.20431340149198
5.05-5.550.27061480.2211332148098
5.56-6.360.29181450.26951341148699
6.36-8.010.28371490.249913741523100
8.01-90.720.23621530.19311370152399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.6578 Å / Origin y: 55.9893 Å / Origin z: 62.8044 Å
111213212223313233
T0.0614 Å2-0.1855 Å2-0.095 Å2-0.003 Å2-0.0185 Å2--0.0965 Å2
L-0.0075 °2-0.0027 °2-0.0165 °2-0.0296 °20.0223 °2--0.0665 °2
S-0.0593 Å °-0.0165 Å °-0.0015 Å °-0.0219 Å °0.0082 Å °-0.0323 Å °0.1206 Å °-0.0416 Å °-0.0196 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 789
2X-RAY DIFFRACTION1allB44 - 157
3X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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