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- PDB-7wa3: Structure of American mink ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wa3
タイトルStructure of American mink ACE2
要素Angiotensin-converting enzyme
キーワードHYDROLASE / SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / cilium / apical plasma membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Neovison vison (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Su, C. / Qi, J.X. / Gao, G.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The molecular basis of SARS-CoV-2 variants binding to mink ACE2
著者: Su, C. / He, J.H. / Qi, J.X. / Yang, M.S. / Wang, Q.H. / Gao, G.F.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
B: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7119
ポリマ－141,1242
非ポリマー1,5867
水5,873326
1
A: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2915
ポリマ－70,5621
非ポリマー7294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
2
B: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4194
ポリマ－70,5621
非ポリマー8573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area26500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.697, 97.725, 105.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.988, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 19 through 701)
d_2ens_1(chain "B" and resid 19 through 701)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERHISA1 - 600
d_12ens_1NAGNAGB
d_13ens_1NAGNAGC
d_21ens_1SERHISF1 - 600
d_22ens_1NAGNAGG
d_23ens_1NAGNAGH

-
要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme


分子量: 70562.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neovison vison (哺乳類) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A7T0Q2W2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000 MME2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→71.54 Å / Num. obs: 61639 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.591 / Num. unique obs: 9035 / CC1/2: 0.737

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R42

1r42


解像度: 2.28→42.19 Å / SU ML: 0.3011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 2800 4.59 %
Rwork0.2275 58259 -
obs0.2283 61059 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→42.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9884 0 96 326 10306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002610270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.568213948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04091447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04053773
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.96243616926 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.320.33091430.3132826X-RAY DIFFRACTION95.99
2.32-2.360.31681340.30332960X-RAY DIFFRACTION99.36
2.36-2.40.34241780.28912944X-RAY DIFFRACTION99.71
2.4-2.450.2931370.29272960X-RAY DIFFRACTION99.55
2.45-2.510.29591640.27862995X-RAY DIFFRACTION99.72
2.51-2.560.33851220.27652969X-RAY DIFFRACTION99.81
2.56-2.630.27871470.26542976X-RAY DIFFRACTION99.9
2.63-2.70.2987880.2692016X-RAY DIFFRACTION66.96
2.7-2.780.26561520.25022920X-RAY DIFFRACTION99.68
2.78-2.870.26781660.26052974X-RAY DIFFRACTION99.81
2.87-2.970.27871410.25962992X-RAY DIFFRACTION99.68
2.97-3.090.2741790.25632949X-RAY DIFFRACTION99.59
3.09-3.230.28041310.2532955X-RAY DIFFRACTION99.1
3.23-3.40.29191410.23682978X-RAY DIFFRACTION98.86
3.4-3.610.23251600.2222910X-RAY DIFFRACTION98.18
3.61-3.890.24221200.20812967X-RAY DIFFRACTION98.44
3.89-4.280.18951340.18782956X-RAY DIFFRACTION98.66
4.28-4.90.16791030.1793014X-RAY DIFFRACTION98.27
4.9-6.170.18211240.19642975X-RAY DIFFRACTION97.85
6.17-42.190.19121360.18223023X-RAY DIFFRACTION97.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9760259584580.1747114419720.009733631215380.7258899405820.2196269671530.750990851936-0.0102652954915-0.02947954245240.0247443051050.004050242467740.0230766384696-0.008962879535460.000178519913759-0.0743226133702-0.01540081512810.208222991630.0248843458040.01545429115330.1949669070850.01464834447080.22432947877-17.281519561510.4734957779-5.45291662731
20.9063150943960.137252417309-0.01798311281810.980529005114-0.1835280805630.6462807981190.01856425803030.00506674085935-0.046906262917-0.0515739464652-0.008735138934480.02983605923280.05242602294610.0528932255009-0.01384890834320.227147707870.0355743935659-0.01236375294470.223897862341-0.02938872527750.266609631478-18.355093869515.440463482247.2134789875
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 19 - 800 / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain AAA - E
22chain BBF - K

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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