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- PDB-7w9z: Crystal structure of Bacillus subtilis YugJ in complex with NADP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w9z
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis YugJ in complex with NADP and nitrate
要素Iron-containing alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


butanol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NITRATE ION / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cho, H.Y. / Nam, M.S. / Hong, H.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002100 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1I1A1A01047141 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Furan Aldehyde Reductase YugJ from Bacillus subtilis.
著者: Cho, H.Y. / Nam, M.S. / Hong, H.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Iron-containing alcohol dehydrogenase
B: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3538
ポリマ－86,6182
非ポリマー1,7356
水10,899605
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.506, 67.694, 102.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...
21(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A2 - 20
121(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A21
131(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A2 - 504
141(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A2 - 504
151(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A2 - 504
161(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A2 - 504
171(chain A and (resid 2 through 20 or (resid 21...A2 - 504
211(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...B2 - 23
221(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...B24
231(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...B2 - 504
241(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...B2 - 504
251(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...B2 - 504
261(chain B and (resid 2 through 23 or (resid 24...B2 - 504

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要素

#1: タンパク質 Iron-containing alcohol dehydrogenase


分子量: 43309.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 (バクテリア)
遺伝子: FAL52_14980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F2KLJ3
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium nitrate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 91189 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 4474 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W9X

7w9x


解像度: 1.65→28.914 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 4572 5.02 %
Rwork0.1738 86549 -
obs0.175 91121 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.14 Å2 / Biso mean: 22.205 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→28.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5863 0 112 605 6580
Biso mean--15.14 29.65 -
残基数----762
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3553X-RAY DIFFRACTION4.68TORSIONAL
12B3553X-RAY DIFFRACTION4.68TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.65-1.66880.24411430.2123286299
1.6688-1.68840.24261500.2065283899
1.6884-1.7090.26541620.2084285899
1.709-1.73060.24341430.2066288499
1.7306-1.75340.23021290.2002285099
1.7534-1.77740.21611490.1934288099
1.7774-1.80280.1891610.1812284599
1.8028-1.82970.221610.1823289699
1.8297-1.85830.25691660.18222799100
1.8583-1.88870.21411310.17932889100
1.8887-1.92130.20651610.18122880100
1.9213-1.95620.2221680.17982865100
1.9562-1.99380.21721100.18922897100
1.9938-2.03450.19271610.1752878100
2.0345-2.07880.20381530.17132859100
2.0788-2.12710.19661440.16672925100
2.1271-2.18030.17671640.17052858100
2.1803-2.23920.20491590.17532870100
2.2392-2.30510.22411730.17362866100
2.3051-2.37940.20841480.17242899100
2.3794-2.46440.20971320.17682927100
2.4644-2.5630.18791690.18062893100
2.563-2.67960.20441420.17342903100
2.6796-2.82080.20361550.1792898100
2.8208-2.99730.22271360.18312911100
2.9973-3.22850.19931610.18192904100
3.2285-3.55290.21011560.17512927100
3.5529-4.06580.18111390.15342928100
4.0658-5.11780.13161630.14262933100
5.1178-28.9140.18081830.1742292799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1464-2.64690.84975.2227-1.04330.48430.12090.1481-0.0787-0.0194-0.07750.2913-0.0651-0.0564-0.07380.14760.0025-0.00750.1623-0.03250.0667-11.625619.4816-28.3286
21.1425-0.2910.22171.2804-0.07372.10090.01060.02490.03470.01250.01310.1635-0.1053-0.4496-0.02050.08120.0372-0.01690.1943-0.00210.1192-22.342427.3333-17.8517
32.7428-0.6014-1.98931.64650.54516.5332-0.05-0.18190.02070.20410.0912-0.00620.108-0.1506-0.03130.09670.0067-0.02720.15540.00930.1128-17.541419.6295-6.8705
40.5057-0.1727-0.06310.55450.04570.6233-0.0014-0.03810.05710.0215-0.0043-0.07830.03290.0229-0.00540.1153-0.0017-0.01590.12080.00530.1214-0.283418.5089-16.4396
50.96370.66230.12096.8020.00312.2665-0.0098-0.00350.0453-0.17930.0571-0.2933-0.08940.1032-0.05590.03830.0202-0.00910.1002-0.00790.09220.420122.4293-21.0954
61.0806-0.3032-0.41020.9940.24751.3835-0.117-0.1779-0.04860.16410.1198-0.11830.17320.1333-0.01210.19010.0292-0.05450.1433-0.0150.13011.872815.2781-0.5211
75.65120.8486-0.92417.5024-1.26461.8781-0.26220.0361-0.6356-0.27810.30050.1320.1973-0.0642-0.0430.22640.0332-0.03040.15930.02160.1565-4.74629.65747.224
82.31782.0821-0.53613.91720.71720.84950.0431-0.0393-0.00970.1274-0.11150.37560.3127-0.19550.0510.1751-0.040.02370.1621-0.0420.0935-10.634.0535-27.8941
91.94230.5938-0.71031.7234-0.1261.5203-0.01340.0945-0.27790.2586-0.20390.15730.4797-0.50920.19640.2867-0.13860.06560.2652-0.10430.2325-16.5475-11.0916-36.223
101.1538-0.259-0.63981.13940.56851.6990.05820.2176-0.1031-0.1082-0.2590.31480.0563-0.73310.11660.1389-0.014-0.02160.3519-0.10630.1817-18.87250.241-44.1223
111.1606-0.0047-0.19481.3740.68263.88660.07630.1639-0.0515-0.2142-0.16610.0355-0.077-0.38190.0720.12390.0316-0.00830.1982-0.0330.1128-9.91733.3701-50.0563
121.4648-0.4672-0.54011.62920.67831.99960.0501-0.0407-0.14230.0338-0.09930.0630.3017-0.25820.14740.1625-0.04950.02850.1287-0.02710.1225-8.5263-1.9168-32.899
130.83490.4999-0.0483.19840.98821.64570.0050.1183-0.0387-0.2150.0479-0.1036-0.01030.0018-0.05010.11680.01910.01540.13730.00650.1285.0188.2781-39.589
141.0311-0.2345-0.39684.75831.69111.86850.0257-0.0325-0.1950.13450.1155-0.29650.25970.1334-0.12050.09390.0207-0.02260.106-0.00210.15610.5146.4614-31.1237
152.4735-1.1324-0.68967.2501-0.02122.371-0.0692-0.058-0.15570.2880.0169-0.17660.32160.07480.01230.1185-0.0009-0.00910.0969-0.00290.08022.31131.0978-30.3364
165.3521.7596-0.45572.00110.23641.79070.08130.13920.2468-0.34710.0162-0.0972-0.3933-0.0025-0.10910.22160.01250.05710.1135-0.01080.15163.4576.4666-51.3339
170.30920.5112-0.02191.03820.73892.09760.20420.20720.1056-1.12510.569-0.9377-1.34150.932-0.31540.5173-0.14950.32440.3088-0.1340.483918.968117.7654-39.9367
181.68770.2238-0.25851.41310.78612.52840.06960.19970.0727-0.24140.2427-0.2473-0.210.2059-0.26650.1967-0.01120.10140.1561-0.06350.231211.48724.4396-52.7306
194.85010.62672.21563.5783-0.28571.3358-0.41550.0570.51020.30670.20320.2709-0.4561-0.05650.1420.3844-0.01930.11070.16720.00710.24696.818813.6624-58.9416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 28 )A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 143 )A29 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 164 )A144 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 232 )A165 - 232
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 233 through 261 )A233 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 262 through 363 )A262 - 363
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 364 through 387 )A364 - 387
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 26 )B2 - 26
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 27 through 73 )B27 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 74 through 143 )B74 - 143
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 144 through 164 )B144 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 165 through 184 )B165 - 184
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 185 through 210 )B185 - 210
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 211 through 232 )B211 - 232
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 233 through 261 )B233 - 261
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 262 through 296 )B262 - 296
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 297 through 320 )B297 - 320
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 321 through 363 )B321 - 363
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 364 through 387 )B364 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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