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- PDB-7w9y: Crystal structure of Bacillus subtilis YugJ in complex with NADP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w9y
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis YugJ in complex with NADP and nickel
要素Iron-containing alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


butanol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NICKEL (II) ION / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Cho, H.Y. / Nam, M.S. / Hong, H.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002100 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1I1A1A01047141 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Furan Aldehyde Reductase YugJ from Bacillus subtilis.
著者: Cho, H.Y. / Nam, M.S. / Hong, H.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Iron-containing alcohol dehydrogenase
B: Iron-containing alcohol dehydrogenase
C: Iron-containing alcohol dehydrogenase
D: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,44512
ポリマ－173,2374
非ポリマー3,2088
水14,268792
1
A: Iron-containing alcohol dehydrogenase
B: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2236
ポリマ－86,6182
非ポリマー1,6044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
2
C: Iron-containing alcohol dehydrogenase
D: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2236
ポリマ－86,6182
非ポリマー1,6044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.036, 69.641, 87.609
Angle α, β, γ (deg.)96.290, 91.030, 90.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and (resid 2 through 26 or (resid 27...
31(chain C and ((resid 2 and (name N or name...
41(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA28
12ASPASPNINI(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - F-1 - 5025
13ASPASPNINI(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - F-1 - 5025
14ASPASPNINI(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - F-1 - 5025
15ASPASPNINI(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - F-1 - 5025
21HISHISLEULEU(chain B and (resid 2 through 26 or (resid 27...BB2 - 268 - 32
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 26 or (resid 27...BB2733
23HISHISNINI(chain B and (resid 2 through 26 or (resid 27...BB - H2 - 5028
24HISHISNINI(chain B and (resid 2 through 26 or (resid 27...BB - H2 - 5028
25HISHISNINI(chain B and (resid 2 through 26 or (resid 27...BB - H2 - 5028
31HISHISHISHIS(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC28
32ASPASPNINI(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC - J-1 - 5025
33ASPASPNINI(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC - J-1 - 5025
34ASPASPNINI(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC - J-1 - 5025
35ASPASPNINI(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC - J-1 - 5025
41HISHISPROPRO(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DD2 - 238 - 29
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DD2430
43HISHISNINI(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DD - L2 - 5028
44HISHISNINI(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DD - L2 - 5028
45HISHISNINI(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DD - L2 - 5028
46HISHISNINI(chain D and (resid 2 through 23 or (resid 24...DD - L2 - 5028

-
要素

#1: タンパク質
Iron-containing alcohol dehydrogenase


分子量: 43309.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 (バクテリア)
遺伝子: FAL52_14980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F2KLJ3
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, calcium acetate, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 112718 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 5537 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W9X

7w9x


解像度: 1.93→29.848 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 5775 5.13 %
Rwork0.1701 106897 -
obs0.172 112672 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.45 Å2 / Biso mean: 29.3382 Å2 / Biso min: 9.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→29.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11833 0 164 792 12789
Biso mean--22.86 32.45 -
残基数----1549
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6989X-RAY DIFFRACTION5.382TORSIONAL
12B6989X-RAY DIFFRACTION5.382TORSIONAL
13C6989X-RAY DIFFRACTION5.382TORSIONAL
14D6989X-RAY DIFFRACTION5.382TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.93-1.95190.27431760.2376340392
1.9519-1.97490.24541690.2271351396
1.9749-1.9990.29341910.2239361696
1.999-2.02430.24591900.216347496
2.0243-2.05090.25152010.2123357496
2.0509-2.0790.24482010.2045350496
2.079-2.10870.26342120.1942352396
2.1087-2.14010.2542340.192353196
2.1401-2.17360.24791740.1898358397
2.1736-2.20920.24171960.1811353896
2.2092-2.24730.21441920.1724358797
2.2473-2.28810.19962240.1712349097
2.2881-2.33210.21192270.1668355097
2.3321-2.37970.20762020.1693352797
2.3797-2.43140.21181850.1657358697
2.4314-2.4880.22061820.174357497
2.488-2.55020.21171630.168361897
2.5502-2.61910.20821810.1645360797
2.6191-2.69610.2112110.1683356697
2.6961-2.7830.2071900.1727359997
2.783-2.88240.19282210.1637355097
2.8824-2.99770.22141910.1754362098
2.9977-3.1340.22491400.1773366398
3.134-3.29910.19761230.1786368097
3.2991-3.50550.21541880.1738357097
3.5055-3.77560.19742470.1625353698
3.7756-4.15470.17812140.1425359798
4.1547-4.75380.15632370.1374356598
4.7538-5.98140.2011650.1582363097
5.9814-29.8480.18611480.1611352395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6512-0.88830.34952.40020.21611.13040.10380.19830.1041-0.593-0.0909-0.07920.0407-0.0071-0.06220.22150.00020.00520.1503-0.00050.0803-19.33831.2494-15.0679
21.7555-0.1184-0.08182.6615-0.34631.410.0750.08350.1759-0.4037-0.0550.2835-0.1416-0.1903-0.02620.19250.0353-0.05480.13580.0160.1386-29.016439.948-11.8887
30.4434-0.1682-0.31586.0237-0.43750.75440.0632-0.1221-0.0148-0.0036-0.13910.00470.00690.07460.05320.0864-0.0475-0.0430.20550.00690.1127-14.754829.78137.0131
48.01861.64580.50365.88160.93394.29710.2113-0.074-0.1070.0473-0.1661-0.7973-0.33640.242-0.06950.1263-0.0402-0.01070.15260.03880.1396-8.84639.1375-1.856
52.3858-0.83080.74462.6606-0.34521.69480.0656-0.3418-0.05440.1994-0.00040.09850.0199-0.2199-0.0650.1363-0.07370.01880.254-0.00240.1272-22.201429.226413.1421
62.9869-0.0240.54661.8976-0.58831.23970.0212-0.62310.15690.44860.09090.3293-0.2012-0.4505-0.10430.2013-0.01950.07870.4076-0.04910.1823-28.325835.182817.1901
71.38780.08890.45823.4286-0.43551.5629-0.11860.3558-0.3577-0.9196-0.0317-0.71760.32-0.07650.14440.3766-0.02810.21360.1821-0.08190.366-14.19945.7934-20.0326
83.18190.2668-0.23024.72520.90880.59070.0319-0.1215-0.0821-0.172-0.09450.0810.08470.0710.05080.1353-0.0256-0.02630.21150.08160.1325-4.176612.5303-0.5584
92.08970.3534-0.30192.8198-1.25032.328-0.07420.22480.0295-0.766-0.3076-0.64750.3980.3040.20980.34160.0560.13820.29880.13810.337810.553913.9143-6.9189
101.12070.40880.03033.60510.41391.18280.0039-0.1037-0.04120.36540.09350.0609-0.01010.0504-0.14820.17850.0239-0.04140.13860.02710.111218.74575.9105-44.5744
111.7264-0.1298-0.21782.30780.10891.5419-0.0392-0.05340.09040.26250.1049-0.424-0.13570.294-0.0630.1833-0.0243-0.08590.1544-0.02780.187828.324114.6361-47.7105
120.16790.1026-0.14065.66271.04281.6724-0.06760.05920.0374-0.04150.01750.0226-0.1412-0.01810.05330.0813-0.0016-0.05450.15980.0130.130912.47887.5827-64.269
132.61681.1720.59242.85850.6122.3863-0.00970.2623-0.1007-0.32980.1031-0.2234-0.06650.3547-0.08120.13980.01540.02760.2088-0.00310.174421.95594.0194-72.881
143.1618-0.22150.70525.65783.00953.31650.07910.4021-0.0013-0.979-0.1068-0.2475-0.44760.0120.06240.29380.01340.0020.20970.05930.146414.59357.7384-80.0982
152.1249-0.19050.23481.22191.1281.1735-0.26130.690.0999-0.85940.6393-0.8217-0.75670.9705-0.22390.1866-0.22020.18620.6193-0.13010.400633.601911.0718-75.5733
161.9211-0.32490.0752.7740.33251.3634-0.0749-0.3329-0.09480.68280.1159-0.0670.1657-0.0417-0.03460.31610.0432-0.07090.19310.03350.092513.6652-19.7432-39.8607
172.0337-0.7685-0.06193.5256-0.49440.53920.0941-0.00620.08890.0551-0.09090.02710.0225-0.02850.00990.1079-0.0092-0.03520.179-0.01720.06723.9196-12.7741-59.5689
181.9508-0.5233-0.28322.5081-0.13952.107-0.0277-0.1805-0.04470.3155-0.05740.42560.0083-0.36870.03350.158-0.0320.03130.3045-0.05660.2177-11.0358-12.0754-52.7604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 37 )A-1 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 184 )A38 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 185 through 232 )A185 - 232
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 185 through 252 )B185 - 252
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 253 through 387 )B253 - 387
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid -1 through 37 )C-1 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 38 through 184 )C38 - 184
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 185 through 252 )C185 - 252
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 253 through 320 )C253 - 320
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 321 through 339 )C321 - 339
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 340 through 387 )C340 - 387
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 184 )D2 - 184
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 185 through 252 )D185 - 252
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 253 through 387 )D253 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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