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万見
- PDB-7w9d: Crystal Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w9d
タイトルCrystal Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 (P450BM3) Heme Domain with N-Hexadecanoyl-L-Homoserine
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8PD / Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Karasawa, M. / Stanfield, J.K. / Kasai, C. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15H05806 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19J23669 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H04704 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR15P3 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 (P450BM3) Heme Domain with N-Hexadecanoyl-L-Homoserine
著者: Karasawa, M. / Stanfield, J.K. / Kasai, C. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
履歴
登録2021年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,03810
ポリマ－104,6012
非ポリマー2,4378
水10,160564
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.754, 146.716, 62.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 455 / Label seq-ID: 3 - 456

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 52300.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp102A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-MI9 / Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX


分子量: 676.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36MoN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-8PD / (2~{S})-2-(hexadecanoylamino)-4-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 357.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H39NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode
詳細: 7.8%(w/v) PEG8000, 60 mM Magnesium Chloride, 74 mM Tris-HCl, 150 uM N-Hexadecanoyl-L-Homoserine, 1.5%(v/v) Methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.5 Å / Num. obs: 152012 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.052 % / Biso Wilson estimate: 28.149 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.819 / Net I/σ(I): 12.01 / Num. measured all: 767957
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.645.1580.9421.5612402924745240480.6271.04997.2
1.64-1.755.1340.6182.5411845823198230720.7940.6999.5
1.75-1.894.9550.3644.4610696821651215890.910.40899.7
1.89-2.075.1770.2078.4510273719872198460.9710.23299.9
2.07-2.325.1310.12913.729234918058179990.9870.14599.7
2.32-2.684.8030.09318.047607915930158400.9920.10599.4
2.68-3.275.0140.06126.016731113481134250.9960.06899.6
3.27-4.624.8080.04234.564987810427103730.9970.04799.5
4.62-47.55.180.03738.830148583858200.9980.04199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.479
最高解像度最低解像度
Rotation47.46 Å1.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W97

7w97


解像度: 1.55→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1808 / WRfactor Rwork: 0.1632 / FOM work R set: 0.8569 / SU B: 1.567 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0713 / SU Rfree: 0.0695 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1859 7458 4.9 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
obs0.169 143959 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.27 Å2 / Biso mean: 22.59 Å2 / Biso min: 13.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0 Å2-0.33 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7328 0 162 564 8054
Biso mean--22.62 30.78 -
残基数----908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.68610397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3951.62116779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4835.054918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02223.431411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.658151358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1551540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021682
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15430 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 539 -
Rwork0.279 10541 -
all-11080 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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