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- PDB-7w91: Residues 440-490 of centrosomal protein 63 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w91
タイトルResidues 440-490 of centrosomal protein 63
要素Centrosomal protein of 63 kDa
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cep63 / Centrosomal Protein 63
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / centriole replication / signal transduction in response to DNA damage / spindle assembly / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes ...negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / centriole replication / signal transduction in response to DNA damage / spindle assembly / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / negative regulation of innate immune response / DNA damage checkpoint signaling / AURKA Activation by TPX2 / centriolar satellite / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / molecular adaptor activity / protein stabilization / ciliary basal body / cell division / centrosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Centrosomal protein Cep63/Deup1, N-terminal / Centrosomal protein of 63 kDa
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 63 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.292 Å
データ登録者Yun, H.Y. / Ku, B.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6063955 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)KGM9952112 韓国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Architectural basis for cylindrical self-assembly governing Plk4-mediated centriole duplication in human cells.
著者: Il Ahn, J. / Zhang, L. / Ravishankar, H. / Fan, L. / Kirsch, K. / Zeng, Y. / Meng, L. / Park, J.E. / Yun, H.Y. / Ghirlando, R. / Ma, B. / Ball, D. / Ku, B. / Nussinov, R. / Schmit, J.D. / ...著者: Il Ahn, J. / Zhang, L. / Ravishankar, H. / Fan, L. / Kirsch, K. / Zeng, Y. / Meng, L. / Park, J.E. / Yun, H.Y. / Ghirlando, R. / Ma, B. / Ball, D. / Ku, B. / Nussinov, R. / Schmit, J.D. / Heinz, W.F. / Kim, S.J. / Karpova, T. / Wang, Y.X. / Lee, K.S.
履歴
登録2021年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 63 kDa
B: Centrosomal protein of 63 kDa
C: Centrosomal protein of 63 kDa
D: Centrosomal protein of 63 kDa
E: Centrosomal protein of 63 kDa
F: Centrosomal protein of 63 kDa
G: Centrosomal protein of 63 kDa
H: Centrosomal protein of 63 kDa
I: Centrosomal protein of 63 kDa
J: Centrosomal protein of 63 kDa
K: Centrosomal protein of 63 kDa
L: Centrosomal protein of 63 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,10512
ポリマ－82,10512
非ポリマー00
水00
1
A: Centrosomal protein of 63 kDa
B: Centrosomal protein of 63 kDa
C: Centrosomal protein of 63 kDa
D: Centrosomal protein of 63 kDa
E: Centrosomal protein of 63 kDa
F: Centrosomal protein of 63 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0536
ポリマ－41,0536
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11110 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
2
G: Centrosomal protein of 63 kDa
H: Centrosomal protein of 63 kDa
I: Centrosomal protein of 63 kDa
J: Centrosomal protein of 63 kDa
K: Centrosomal protein of 63 kDa
L: Centrosomal protein of 63 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0536
ポリマ－41,0536
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11290 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.622, 81.112, 80.846
Angle α, β, γ (deg.)65.330, 60.070, 60.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Centrosomal protein of 63 kDa / Cep63


分子量: 6842.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MT8
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.6 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 7.75, 0.4 M NDSB-221, 0.1M ethylene-diamine-tetraacetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.292→50 Å / Num. obs: 37129 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.92
反射 シェル解像度: 3.292→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.221 / Num. unique obs: 1383

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.292→36.229 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.64 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 3638 9.8 %
Rwork0.2293 33482 -
obs0.2324 37120 81.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.37 Å2 / Biso mean: 57.3548 Å2 / Biso min: 20.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.292→36.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 0 0 5084
残基数----616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.486740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6533344
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.292-3.33510.33151220.32688155
3.3351-3.38070.36841150.2914106865
3.3807-3.4290.3206650.2679101466
3.429-3.48010.26041170.2857111170
3.4801-3.53450.27711670.2633107972
3.5345-3.59240.3711880.2507123575
3.5924-3.65430.29331200.2509127079
3.6543-3.72060.24451500.2486120080
3.7206-3.79210.25491450.2374132782
3.7921-3.86950.24571530.2393127780
3.8695-3.95350.28121150.2429126482
3.9535-4.04530.21641490.2334136884
4.0453-4.14640.31291410.1966129986
4.1464-4.25830.2031740.1959144986
4.2583-4.38340.15981420.1822131789
4.3834-4.52460.24381320.1885141886
4.5246-4.6860.25641620.1894132688
4.686-4.87320.25571620.2009139589
4.8732-5.09440.23891590.2021144890
5.0944-5.36220.25481330.2275137587
5.3622-5.6970.25931560.266129284
5.697-6.13490.33481300.297136285
6.1349-6.74870.32091570.2656140487
6.7487-7.7170.28731590.259135390
7.717-9.69170.22021580.211150194
9.6917-36.2290.27281670.2144144992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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