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- PDB-7w8w: DMSPP- and 5-Me-Trp-bound 6-dimethylallyl tryptophan synthase, IptA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w8w
タイトルDMSPP- and 5-Me-Trp-bound 6-dimethylallyl tryptophan synthase, IptA
要素6-dimethylallyltryptophan synthase
キーワードTRANSFERASE / aromatic prenyltransferase / stpreptomyces / secondary metabolites
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / 5-methyl-L-tryptophan / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / 6-dimethylallyltryptophan synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. SN-593 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Suemune, H. / Nagano, S. / Tomoya, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04658 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05780 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of a 6-dimethylallyltryptophan synthase, IptA: Insights into substrate tolerance and enhancement of prenyltransferase activity.
著者: Suemune, H. / Nishimura, D. / Mizutani, K. / Sato, Y. / Hino, T. / Takagi, H. / Shiozaki-Sato, Y. / Takahashi, S. / Nagano, S.
履歴
登録2021年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-dimethylallyltryptophan synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3034
ポリマ－39,7261
非ポリマー5763
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.728, 44.878, 78.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.383, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 6-dimethylallyltryptophan synthase / Tryptophan 6-prenyltransferase


分子量: 39726.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SN-593 (バクテリア)
遺伝子: iptA, RVR_4274 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D6RT90
#2: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-D0Q / 5-methyl-L-tryptophan / 5-メチルトリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES pH7.0, Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.2 Å / Num. obs: 31974 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.58 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 3165 / CC1/2: 0.207

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W8U

7w8u


解像度: 1.8→49.2 Å / SU ML: 0.2748 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0216
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1625 5.1 %
Rwork0.1932 30253 -
obs0.1951 31878 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2596 0 35 266 2897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00792700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95033698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.1171949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.3651180.35312504X-RAY DIFFRACTION99.54
1.85-1.910.37191440.31762507X-RAY DIFFRACTION99.81
1.91-1.980.31791370.27232479X-RAY DIFFRACTION99.73
1.98-2.060.29751330.24522523X-RAY DIFFRACTION99.85
2.06-2.150.27721310.22022515X-RAY DIFFRACTION99.85
2.15-2.270.26641360.21822493X-RAY DIFFRACTION99.77
2.27-2.410.23351240.20652525X-RAY DIFFRACTION99.77
2.41-2.60.25271500.18582516X-RAY DIFFRACTION99.74
2.6-2.860.19261390.18122499X-RAY DIFFRACTION99.74
2.86-3.270.21721430.16742529X-RAY DIFFRACTION99.78
3.27-4.120.17961340.15892554X-RAY DIFFRACTION99.48
4.12-49.20.19861360.17272609X-RAY DIFFRACTION99.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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