[日本語] English
万見
- PDB-7w8h: Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w8h
タイトルSweet taste protein Brazzein mutant - D29K
要素(Defensin-like protein) x 2
キーワードPLANT PROTEIN / Sweet taste protein / artficial sweetener
機能・相同性Knottin, scorpion toxin-like superfamily / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Defensin-like protein
機能・相同性情報
生物種Pentadiplandra brazzeana (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.50100444366 Å
データ登録者Kim, T. / Yoon, T.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K
著者: Kim, T. / Yoon, T.
#2: ジャーナル: FEBS Lett / 年: 1994
タイトル: Brazzein, a new high-potency thermostable sweet protein from Pentadiplandra brazzeana B.
著者: Ming, D. / Hellekant, G.
#1: ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2003
タイトル: Critical regions for the sweetness of brazzein.
著者: Jin, Z. / Danilova, V. / Assadi-Porter, F.M. / Aceti, D.J. / Markley, J.L. / Hellekant, G.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Defensin-like protein
B: Defensin-like protein
C: Defensin-like protein
D: Defensin-like protein
E: Defensin-like protein
F: Defensin-like protein
G: Defensin-like protein
H: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1908
ポリマ－52,1908
非ポリマー00
水5,585310
1
A: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5111
ポリマ－6,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Defensin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5261
ポリマ－6,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.45, 55.45, 159.333
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

-
要素

#1: タンパク質
Defensin-like protein / Brazzein


分子量: 6525.517 Da / 分子数: 7 / 変異: D29K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sweet tasting Protein Brazzein mutant D29K / 由来: (組換発現) Pentadiplandra brazzeana (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P56552
#2: タンパク質 Defensin-like protein / Brazzein


分子量: 6511.425 Da / 分子数: 1 / 変異: D29K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sweet tasting Protein Brazzein mutant D29K / 由来: (組換発現) Pentadiplandra brazzeana (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P56552
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5 / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.501→27.32 Å / Num. obs: 87242 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 21.0709049292 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 1.501→3.26 Å / Num. unique obs: 8676 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.302

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4heq

4heq


解像度: 1.50100444366→27.3145642247 Å / SU ML: 0.199638708669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96224378477 / 位相誤差: 29.5769340776
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267648052425 1970 2.25808670136 %
Rwork0.232074866384 85272 -
obs0.232861198713 87242 99.6698312598 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.4584594636 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.50100444366→27.3145642247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 0 310 3812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006890558289233593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10386315054745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475357891976463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411592145747618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.00879980591405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.502-1.53850.3402990352831360.3184693099146121X-RAY DIFFRACTION99.808581911
1.5385-1.58010.3034506505061420.2897567211946113X-RAY DIFFRACTION99.8722656874
1.5801-1.62660.3967333457681330.2872252916416061X-RAY DIFFRACTION99.8066387367
1.6266-1.67910.2523672562741440.2746524976176109X-RAY DIFFRACTION99.7766076273
1.6791-1.73910.305856121611440.2652419195876096X-RAY DIFFRACTION99.7920997921
1.7391-1.80870.2505416580551420.2588201819186081X-RAY DIFFRACTION99.8235482836
1.8087-1.8910.2862634938331380.2665900150196089X-RAY DIFFRACTION99.9037381678
1.891-1.99070.3312962198031460.2581801773676116X-RAY DIFFRACTION99.8405612245
1.9907-2.11540.3474437813841420.2576373018716093X-RAY DIFFRACTION99.8079077957
2.1154-2.27870.2808574797721420.2388195082286114X-RAY DIFFRACTION99.7767145136
2.2787-2.50780.297193737451400.236749183726098X-RAY DIFFRACTION99.8879103283
2.5078-2.87040.2494111583931440.2310208883456101X-RAY DIFFRACTION99.9519846351
2.8704-3.6150.2592222391241340.2115479546376106X-RAY DIFFRACTION99.9519461797
3.615-27.31450.2229945942691430.2039186342965974X-RAY DIFFRACTION97.388950804

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る