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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w8f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of siderophore binding protein VatD from Vibrio vulnificus M2799 complexed with Desferal | ||||||
要素 | Putative periplasm binding protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / periplasmic iron-compound binding protein / Deferoxamine complex | ||||||
機能・相同性 | ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / : / desferrioxamine B / Putative periplasm binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio vulnificus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Tomoo, K. / Miyamoto, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of siderophore binding protein VatD from Vibrio vulnificus M2799 complexed with Desferal 著者: Tomoo, K. / Miyamoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w8f.cif.gz | 79.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w8f.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/7w8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/7w8f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1efdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31094.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: fhuD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q845T3 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-KTY / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30%(w/v) PEG-3,350, 50mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→26.3 Å / Num. obs: 20814 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Num. unique obs: 2172 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EFD 解像度: 1.9→26.103 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.163 / SU B: 4.007 / SU ML: 0.115 / Average fsc free: 0.9181 / Average fsc work: 0.9315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.187 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.103 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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