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万見
- PDB-7w82: Crystal structure of maize RDR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w82
タイトルCrystal structure of maize RDR2
要素RNA-dependent RNA polymerase
キーワードPLANT PROTEIN / RDR2 / RdDM / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / siRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-dependent RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Du, X. / Yang, Z. / Du, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of plant RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2, an enzyme involved in small interfering RNA production.
著者: Xuan Du / Zhenlin Yang / Alfredo Jose Florez Ariza / Qian Wang / Guohui Xie / Sisi Li / Jiamu Du /
要旨: In plants, the biogenesis of small interfering RNA (siRNA) requires a family of RNA-dependent RNA polymerases that convert single-stranded RNA (ssRNA) into double-stranded RNA (dsRNA), which is ...In plants, the biogenesis of small interfering RNA (siRNA) requires a family of RNA-dependent RNA polymerases that convert single-stranded RNA (ssRNA) into double-stranded RNA (dsRNA), which is subsequently cleaved into defined lengths by Dicer endonucleases. Here, we determined the structure of maize (Zea mays) RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2 (ZmRDR2) in the closed and open conformations. The core catalytic region of ZmRDR2 possesses the canonical DNA-dependent RNA polymerase (DdRP) catalytic sites, pointing to a shared RNA production mechanism between DdRPs and plant RDR-family proteins. Apo-ZmRDR2 adopts a highly compact structure, representing an inactive closed conformation. By contrast, adding RNA induced a significant conformational change in the ZmRDR2 Head domain that opened the RNA binding tunnel, suggesting this is an active elongation conformation of ZmRDR2. Overall, our structural studies trapped both the active and inactive conformations of ZmRDR2, providing insights into the molecular mechanism of dsRNA synthesis during plant siRNA production.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3921
ポリマ－115,3921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.036, 149.036, 345.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase / maize RDR2


分子量: 115392.172 Da / 分子数: 1 / 変異: E841A, K842A, E962A, E963A, E966A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: mop1, 100502460, ZEAMMB73_Zm00001d003378 / プラスミド: pFastBacHTB / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q19VG2, RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6M Sodium Citrate, 0.1M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 27101 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 83.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 0.571 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 120266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.214.60.89426820.7490.4681.0110.4399.9
3.21-3.344.60.67526830.7930.3540.7640.43699.9
3.34-3.494.50.50126650.8840.2660.5690.47399.8
3.49-3.684.10.41226780.8670.2370.4770.97199.4
3.68-3.914.50.25727110.9420.1380.2930.706100
3.91-4.214.70.15526810.9860.080.1750.524100
4.21-4.634.60.127200.9920.0520.1130.59699.9
4.63-5.34.30.08427210.9920.0450.0960.59599.8
5.3-6.674.40.07627290.9920.0410.0860.5699.7
6.67-504.20.03628310.9980.020.0410.46898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→43.023 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 1355 5.01 %
Rwork0.2301 25687 -
obs0.232 27042 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.82 Å2 / Biso mean: 85.6438 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→43.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7492 0 0 0 7492
残基数----944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29110352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3452856
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1003-3.21110.36511220.3192558100
3.2111-3.33960.32271530.32182526100
3.3396-3.49150.34651370.29562522100
3.4915-3.67550.34751350.3277254099
3.6755-3.90570.30671320.28332577100
3.9057-4.2070.26061190.22592561100
4.207-4.62990.23321470.18742573100
4.6299-5.29880.25461520.19362568100
5.2988-6.6720.26531340.2252596100
6.672-430.22161240.1807266697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06550.1325-0.36081.427-0.15143.5568-0.04780.04380.3689-0.00480.0089-0.1489-0.65210.48990.01330.613-0.14850.00050.4547-0.0150.700274.7596186.4313360.495
20.6898-0.15890.05790.8917-0.00271.86930.0362-0.20010.00770.2511-0.02810.05830.201-0.05350.02680.60780.01620.0780.6041-0.03270.520454.6949160.9299379.4593
31.01180.73920.12282.96360.35672.13310.0332-0.4107-0.07390.3684-0.069-0.03260.50220.03770.00260.7670.06640.04630.5488-0.02740.454659.5376149.4957378.4385
42.1666-0.91750.04412.71690.45152.2585-0.06190.07550.46710.0161-0.06130.1503-0.1497-0.3380.10190.58260.01920.03490.56530.01190.688751.4601170.1454361.6183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 107 through 473 )A107 - 473
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 474 through 739 )A474 - 739
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 740 through 892 )A740 - 892
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 893 through 1111 )A893 - 1111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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