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- PDB-7w7h: S Suis FakA-FakB2 complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w7h
タイトルS Suis FakA-FakB2 complex structure
要素
  • Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase
  • Uncharacterized protein conserved in bacteria
キーワードTRANSFERASE / fatty acid kinase / faka / fakb / bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerone kinase activity / glycerol metabolic process / phosphorylation / lipid binding
類似検索 - 分子機能
DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / DegV ...DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Uncharacterized protein conserved in bacteria / Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus suis 05ZYH33 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shi, Y. / Zang, N. / Lou, N. / Xu, Y. / Sun, J. / Huang, M. / Zhang, H. / Lu, H. / Zhou, C. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism for streptococcal fatty acid kinase (Fak) system dedicated to host fatty acid scavenging.
著者: Shi, Y. / Zang, N. / Lou, N. / Xu, Y. / Sun, J. / Huang, M. / Zhang, H. / Lu, H. / Zhou, C. / Feng, Y.
履歴
登録2021年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase
B: Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase
E: Uncharacterized protein conserved in bacteria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,9229
ポリマ－150,2213
非ポリマー7016
水1086
1
A: Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase
B: Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase
ヘテロ分子

E: Uncharacterized protein conserved in bacteria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,9229
ポリマ－150,2213
非ポリマー7016
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x+1/2,-y-1/2,-z+1/41
Buried area10030 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area56010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.749, 107.749, 398.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 208 or resid 210...
21(chain B and (resid 2 through 208 or resid 210 through 322 or resid 332 through 602))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSER(chain A and (resid 2 through 208 or resid 210...AA2 - 2082 - 208
12ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 2 through 208 or resid 210...AA210 - 228210 - 228
13ASPASPALAALA(chain A and (resid 2 through 208 or resid 210...AA238 - 322238 - 322
14GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 208 or resid 210...AA325325
15PROPROZNZN(chain A and (resid 2 through 208 or resid 210...AA - D333 - 601333
21SERSERSERSER(chain B and (resid 2 through 208 or resid 210 through 322 or resid 332 through 602))BB2 - 2082 - 208
22ASPASPALAALA(chain B and (resid 2 through 208 or resid 210 through 322 or resid 332 through 602))BB210 - 322210 - 322
23LYSLYSSO4SO4(chain B and (resid 2 through 208 or resid 210 through 322 or resid 332 through 602))BB - H332 - 602332

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABE

#1: タンパク質 Predicted kinase related to dihydroxyacetone kinase / FakA


分子量: 60044.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus suis 05ZYH33 (バクテリア)
遺伝子: SSU05_1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4VXI8
#2: タンパク質 Uncharacterized protein conserved in bacteria / FakB2


分子量: 30132.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus suis 05ZYH33 (バクテリア)
遺伝子: SSU05_1650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4VWX7

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非ポリマー , 4種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.261 Å / Num. obs: 73275 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0787 / Rpim(I) all: 0.0285 / Net I/σ(I): 12.13
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.192 / Num. unique obs: 7232 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x9x

4x9x


解像度: 2.6→45.261 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 6661 4.85 %
Rwork0.1824 130650 -
obs0.1843 73189 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.63 Å2 / Biso mean: 90.3895 Å2 / Biso min: 50 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10297 0 37 6 10340
Biso mean--96.65 62.74 -
残基数----1355
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3200X-RAY DIFFRACTION5.917TORSIONAL
12B3200X-RAY DIFFRACTION5.917TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.62960.38441930.33584487100
2.6296-2.66050.32262060.32164312100
2.6605-2.69290.37842320.32164394100
2.6929-2.7270.35431970.30334348100
2.727-2.76290.30742320.27364426100
2.7629-2.80070.29082180.26714310100
2.8007-2.84080.32242430.26584412100
2.8408-2.88310.27152120.26364330100
2.8831-2.92820.35072080.25364415100
2.9282-2.97620.32412110.25194367100
2.9762-3.02750.26132050.24934330100
3.0275-3.08250.30852440.24734398100
3.0825-3.14180.27912180.24994334100
3.1418-3.20590.3132220.24254377100
3.2059-3.27560.31692260.24294411100
3.2756-3.35180.28412310.22144338100
3.3518-3.43560.26162330.21354357100
3.4356-3.52840.26922030.21314374100
3.5284-3.63220.29662030.19654388100
3.6322-3.74940.20632110.18644378100
3.7494-3.88340.23732110.18144401100
3.8834-4.03870.19072430.16434335100
4.0387-4.22240.18622640.15554325100
4.2224-4.44490.16321980.1447433899
4.4449-4.72310.17382810.1435431099
4.7231-5.08730.21452410.1483429898
5.0873-5.59840.23242150.1711431299
5.5984-6.40660.21682110.1881433099
6.4066-8.06410.16882370.1499430198
8.0641-45.2610.17432120.1438421496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8467-1.5281-0.21151.33580.21180.934-0.1757-0.0036-0.19370.06470.10590.02590.10210.04290.07040.646-0.0297-0.02040.7841-0.00020.6329109.403-28.30933.622
23.72173.17870.70132.43440.6250.10230.5603-0.6843-0.31830.4704-0.5962-0.23240.2779-0.01610.21480.8744-0.0462-0.02181.0479-0.00010.905675.773-32.43439.996
34.79220.68891.16352.13930.28923.6353-0.13530.2193-0.2032-0.3251-0.01860.05410.472-0.05130.1230.77060.01980.14240.6402-0.05450.585640.238-56.83231.022
41.43731.0436-0.01673.03490.65351.6851-0.1948-0.1832-0.2189-0.1531-0.0409-0.05320.27660.01480.2420.59020.07360.06180.79860.00920.605268.053-38.88515.835
58.0025-1.0513-2.4030.01530.28231.03140.27541.0108-0.0819-0.0536-0.2558-0.3389-0.02430.03050.10170.67640.0018-0.02051.0494-0.0820.768395.93-18.65213.84
63.04640.13491.5842.1603-0.00734.5517-0.06570.29120.35530.034-0.077-0.3479-0.31110.53510.08670.5853-0.0346-0.0070.9040.08770.7351140.357-17.8116.999
71.4174-0.49072.09072.2869-0.99723.5829-0.1201-0.3014-0.33670.07340.13880.04910.7418-0.8833-0.05050.8926-0.12120.22680.90820.04260.818319.84-62.11274.098
81.6595-1.27740.96833.3214-1.11327.023-0.1672-0.2783-0.02710.35250.08520.27990.4411-0.81980.01920.6754-0.07280.12910.7229-0.07630.683724.55-56.16373.361
93.2869-2.5902-1.71896.71754.69958.0188-0.2058-0.21130.15630.29170.1278-0.55190.85040.14370.12020.8176-0.05880.07460.854-0.0140.745933.082-58.34381.599
101.6919-0.73281.34531.4694-0.939.1576-0.0297-0.2856-0.5026-0.3506-0.2698-0.10821.3694-0.33290.30061.3516-0.13040.23620.80590.030.839527.482-73.32678.579
111.14870.2507-0.68471.2825-1.43475.1234-0.03540.0917-0.192-0.0393-0.1131-0.02180.6020.42160.18990.9142-0.00890.12660.7863-0.01020.838336.473-66.82158.661
123.8776-0.69491.20178.0566-1.07595.00760.07120.1501-0.7908-0.3125-0.16810.47181.5347-0.37490.08631.2031-0.14390.19880.7801-0.06680.783626.974-74.32860.519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:305 )A2 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 306:338 )A306 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 339:554 )A339 - 554
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 2:305 )B2 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 306:338 )B306 - 338
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 339:554 )B339 - 554
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 1:46 )E1 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 47:94 )E47 - 94
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 95:118 )E95 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 119:138 )E119 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 139:218 )E139 - 218
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 219:277 )E219 - 277

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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