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- PDB-7w6v: Crystal structure of a dicobalt-substituted small laccase at 2.47... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w6v
タイトルCrystal structure of a dicobalt-substituted small laccase at 2.47 angstrom
要素Putative copper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cobalt-binding / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Copper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Yang, X. / Wu, F. / Wu, W. / Chen, X. / Fan, S. / Yu, P. / Mao, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0200800, 2018YFA0703501, 2016YFA0200104 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21790390, 21790391, 22134002, 21874139, 21927804, 22104140 中国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: A versatile artificial metalloenzyme scaffold enabling direct bioelectrocatalysis in solution.
著者: Yang, X. / Wu, W. / Chen, X. / Wu, F. / Fan, S. / Yu, P. / Mao, L.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7263
ポリマ－30,6081
非ポリマー1182
水1,54986
1
A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子

A: Putative copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1789
ポリマ－91,8253
非ポリマー3546
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11710 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area28790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.030, 178.030, 178.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Putative copper oxidase


分子量: 30608.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6712 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XAL8
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% v/v PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年1月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 35302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 73.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 2595911
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.47-2.5154.53.49217120.7080.4743.5240.432
2.51-2.56613.25717170.770.4183.2840.419
2.56-2.6165.63.05917410.810.3783.0830.421
2.61-2.6667.32.58517420.8780.3162.6050.437
2.66-2.7268.32.01717030.8980.2452.0320.499
2.72-2.7876.51.80217390.9450.2061.8130.476
2.78-2.8579.81.50117310.9630.1681.5110.495
2.85-2.93801.0517470.9780.1181.0570.455
2.93-3.0179.40.81217380.9860.0910.8180.461
3.01-3.1178.30.64717440.9910.0730.6510.476
3.11-3.2276.50.47717390.9950.0550.480.513
3.22-3.3571.70.35217500.9960.0420.3540.565
3.35-3.579.50.2617590.9980.0290.2620.672
3.5-3.6980.50.20517590.9980.0230.2070.739
3.69-3.9279.30.16217720.9990.0180.1630.863
3.92-4.2276.60.12117790.9990.0140.1211.026
4.22-4.6574.40.09717870.9990.0110.0981.275
4.65-5.3279.50.08518130.9990.010.0861.231
5.32-6.771.90.078184110.0090.0781.189
6.7-5069.70.06519890.9990.0080.0652.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CG8

3cg8


解像度: 2.47→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.456 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 1733 4.9 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
obs0.1869 33489 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 179.76 Å2 / Biso mean: 58.494 Å2 / Biso min: 35.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 2 86 2241
Biso mean--85.37 55.91 -
残基数----280
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.531 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 110 -
Rwork0.35 2431 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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