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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w61 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of farnesol dehydrogenase from Helicoverpa armigera | ||||||
![]() | Farnesol dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / short chain dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, R. / Das, J. / Mahto, J.K. / Sharma, M. / Kumar, P. / Sharma, A.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and molecular characterization of NADP + -farnesol dehydrogenase from cotton bollworm, Helicoverpaarmigera. 著者: Kumar, R. / Das, J. / Mahto, J.K. / Sharma, M. / Vivek, S. / Kumar, P. / Sharma, A.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xg5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26424.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 314分子 ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→29.52 Å / Num. obs: 36084 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 1742 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XG5 解像度: 1.6→29.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.887 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.23 Å2 / Biso mean: 12.022 Å2 / Biso min: 3.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→29.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.0548 Å / Origin y: -2.0509 Å / Origin z: 43.6799 Å
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