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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w5t | ||||||
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タイトル | A nonheme iron- and alpha-ketoglutarate- dependent halogenase that catalyzes nucleotide substrates | ||||||
要素 | nonheme iron and alpha-ketoglutarate dependent halogenase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / halogenase | ||||||
機能・相同性 | Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / metal ion binding / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Isopenicillin N synthase-like Fe(2+) 2OG dioxygenase domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Actinomadura sp. ATCC 39365 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, L.H. / Zhang, X. / Hu, Y.M. / Huang, J.W. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2022 タイトル: Structural and Functional Insights into a Nonheme Iron- and alpha-Ketoglutarate-Dependent Halogenase That Catalyzes Chlorination of Nucleotide Substrates. 著者: Dai, L. / Zhang, X. / Hu, Y. / Shen, J. / Zhang, Q. / Zhang, L. / Min, J. / Chen, C.C. / Liu, Y. / Huang, J.W. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w5t.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w5t.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w5t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w5t_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w5t_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7w5t_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w5t_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7w5sSC 7w5vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34417.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinomadura sp. ATCC 39365 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U8X168 |
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-非ポリマー , 6種, 311分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-AKG / | #5: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Ammonium Sulfate, HEPES pH 7.5, PEG 400, di-Potassium hydrogen phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2020年12月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→32.71 Å / Num. obs: 32596 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / Num. unique obs: 1599 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7W5S 解像度: 1.74→32.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.409 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.53 Å2 / Biso mean: 18.359 Å2 / Biso min: 1.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→32.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.785 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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