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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w5r | ||||||
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タイトル | KRAS G12V and peptide complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Kras / hrev107 | ||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.87 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H.J. / Han, C.W. / Jang, S.B. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023 タイトル: Structural basis of the oncogenic KRAS mutant and GJ101 complex. 著者: Kim, H.J. / Han, C.W. / Jeong, M.S. / Jang, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w5r.cif.gz | 471 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w5r.ent.gz | 319.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w5r_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w5r_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7w5r_validation.xml.gz | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w5r_validation.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5uqwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20013.539 Da / 分子数: 6 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 579.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-GDP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.87→50 Å / Num. obs: 8581 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 77.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.87→3.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.1838 / Num. unique obs: 2674 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UQW 解像度: 3.87→35.76 Å / SU ML: 0.5682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 34.855
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.87→35.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.87→3.95 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.71337819261 Å / Origin y: -19.2138395566 Å / Origin z: 25.4119434274 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |