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万見
- PDB-7w5r: KRAS G12V and peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5r
タイトルKRAS G12V and peptide complex
要素
  • Isoform 2B of GTPase KRas
  • LEU-TYR-ASP-VAL-ALA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Kras / hrev107
機能・相同性small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Kim, H.J. / Han, C.W. / Jang, S.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the oncogenic KRAS mutant and GJ101 complex.
著者: Kim, H.J. / Han, C.W. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
E: Isoform 2B of GTPase KRas
H: LEU-TYR-ASP-VAL-ALA
I: Isoform 2B of GTPase KRas
M: Isoform 2B of GTPase KRas
Q: Isoform 2B of GTPase KRas
U: Isoform 2B of GTPase KRas
X: LEU-TYR-ASP-VAL-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,04620
ポリマ－121,2418
非ポリマー2,80512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area44130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.556, 82.513, 82.573
Angle α, β, γ (deg.)119.986, 90.061, 90.015
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 20013.539 Da / 分子数: 6 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: タンパク質・ペプチド LEU-TYR-ASP-VAL-ALA


分子量: 579.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.87→50 Å / Num. obs: 8581 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 77.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 3.87→3.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.1838 / Num. unique obs: 2674

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-20001.14_3260データ収集
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
CCP4iデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UQW

5uqw


解像度: 3.87→35.76 Å / SU ML: 0.5682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 34.855
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3102 437 5.09 %
Rwork0.2233 8145 -
obs0.2277 8447 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.87→35.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7588 0 174 0 7762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00527886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.991810673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05141219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.43174737
LS精密化 シェル解像度: 3.87→3.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 173 -
Rwork0.1848 2674 -
obs--99.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.71337819261 Å / Origin y: -19.2138395566 Å / Origin z: 25.4119434274 Å
111213212223313233
T0.135935054444 Å20.00425677061533 Å20.0103448416971 Å2-0.121508069066 Å2-0.000296125090882 Å2--0.153076768736 Å2
L0.042048240167 °2-0.00241758894174 °20.0385335171883 °2-0.00592697486144 °2-0.0171105963666 °2--0.0540502975693 °2
S0.0164337402089 Å °0.0261495907643 Å °0.0289564268201 Å °-0.0293258563132 Å °0.0109767705516 Å °-0.0168640801727 Å °0.0158792924931 Å °0.0153205592829 Å °0.0281082737367 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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