+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w5q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Kruppel-associated box (KRAB) domain of human zinc finger protein 568 | ||||||
要素 | Zinc finger protein 568ジンクフィンガー | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 embryonic placenta morphogenesis / Generic Transcription Pathway / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å | ||||||
データ登録者 | Han, C.W. / Jang, S.B. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the kruppel-associated box (KRAB) domain 著者: Han, C.W. / Jang, S.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w5q.cif.gz | 125 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7w5q.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5q | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1v65S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13940.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF568 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3ZCX4 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Magnesium formate dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 13618 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 60.85 Å2 / CC1/2: 0.895 / Net I/σ(I): 31 |
反射 シェル | 解像度: 2.61→2.66 Å / Num. unique obs: 576 / CC1/2: 0.094 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1V65 解像度: 2.73→41.89 Å / SU ML: 0.5015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.4407 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.73→41.89 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 23.0292704609 Å / Origin y: -6.67902510344 Å / Origin z: 30.2667531724 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |