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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w5h | ||||||
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タイトル | The structure of trichobrasilenol synthase TaTC6 in complex with FsPP | ||||||
![]() | Terpene cyclase 6 | ||||||
![]() | LYASE/METAL BINDING PROTEIN / trichobrasilenol synthase / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C. / Wang, T. / Yang, Y. / Zhang, L. / Ko, T. / Huang, J. / Guo, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the cyclization of unusual brasilane-type sesquiterpenes. 著者: Wang, T. / Yang, Y. / He, M. / Liu, M. / Huang, J.W. / Min, J. / Chen, C.C. / Liu, Y. / Zhang, L. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45690.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A5S9I252, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離, alpha-humulene synthase, (E)-2-epi-beta-caryophyllene synthase, (+)- ...参照: UniProt: A0A5S9I252, ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 616分子 ![](data/chem/img/FPS.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 % |
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結晶化![]() | 温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 1.2 M Sodium malonate, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34318 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.05→33.9 Å / Num. obs: 91204 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.08 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2000 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4okm 解像度: 2.05→31.23 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.09 Å2 / Biso mean: 20.94 Å2 / Biso min: 5.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→31.23 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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