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万見
- PDB-7w5d: High resolution structure of lectin-ike Ox-LDL Receptor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5d
タイトルHigh resolution structure of lectin-ike Ox-LDL Receptor 1
要素Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lectin-like Ox-LDL receptor 1 / OLR1 / native
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / tertiary granule membrane / immune system process / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / tertiary granule membrane / immune system process / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / membrane raft / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.141 Å
データ登録者Tomar, A. / Arockiasamy, A.
資金援助 インド, 4件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)09/512(0221)/2016 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR8766/BRB/10/1701/2018 インド
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2017/005066 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28080/BID/7/836/2018 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High Resolution Structure of Lectin-Like Ox-LDL Receptor 1
著者: Tomar, A. / Arockiasamy, A.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
B: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3382
ポリマ－31,3382
非ポリマー00
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.033, 49.726, 76.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 / Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / ...Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / LOX-1 / Lectin-like oxLDL receptor 1 / hLOX-1 / Lectin-type oxidized LDL receptor 1


分子量: 15668.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P78380
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein 8mg/ml, 10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 1.1 M Sodium Malonate, 0.1M HEPES pH 7, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.01→75.724 Å / Num. obs: 105602 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 12.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 307143
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.01-1.0950.6011533352810.6270.4110.7321.659.8
2.97-75.7240.0231530552800.9980.0160.02840.194.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (16-JUL-2021)精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YPQ

1ypq


解像度: 1.141→16.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.038 / SU Rfree Blow DPI: 0.039 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.036
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 4681 5 %RANDOM
Rwork0.1802 ---
obs0.1809 93536 97.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 74.77 Å2 / Biso mean: 17.33 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5836 Å20 Å20.8317 Å2
2---1.0539 Å20 Å2
3---0.4703 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.141→16.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2121 0 0 369 2490
Biso mean---28.92 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d740SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes378HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2246HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2384SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2246HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3066HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.94
LS精密化 シェル解像度: 1.141→1.15 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 102 5.45 %
Rwork0.2439 1769 -
obs--92.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4237-0.2043-0.150.51210.28580.45860.0013-0.0055-0.0195-0.01250.0077-0.0210.01280.0058-0.009-0.01270.0045-0.0016-0.0110.0022-0.002115.0037-08.5995
20.27510.20280.09281.08290.37660.5554-0.06450.011-0.00640.02080.03150.0509-0.05420.01330.03310.0026-0.0025-0.0063-0.00920.003-0.02274.900120.508126.9642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A140 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B136 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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