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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w5c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mitogen Activated Protein Kinase 4 (MPK4) from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / MPK4 / Kinase / ATPase / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen-pistil interaction / cell plate / male meiosis cytokinesis / jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / cytokinesis by cell plate formation / hypotonic salinity response / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / cellular response to carbon dioxide / regulation of stomatal closure ...jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen-pistil interaction / cell plate / male meiosis cytokinesis / jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / cytokinesis by cell plate formation / hypotonic salinity response / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / cellular response to carbon dioxide / regulation of stomatal closure / defense response to other organism / pollen development / regulation of stomatal movement / cortical microtubule organization / response to fungus / response to water deprivation / mitogen-activated protein kinase kinase / response to abscisic acid / hyperosmotic response / MAP kinase kinase activity / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / response to salt stress / phosphorylation / response to cold / response to hydrogen peroxide / response to molecule of bacterial origin / response to wounding / kinase activity / protein tyrosine kinase activity / microtubule / protein kinase activity / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å | ||||||
データ登録者 | Arold, S.T. / Hameed, U.F.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: New Phytol. / 年: 2023 タイトル: Essential role of the CD docking motif of MPK4 in plant immunity, growth, and development. 著者: Siodmak, A. / Shahul Hameed, U.F. / Rayapuram, N. / Volz, R. / Boudsocq, M. / Alharbi, S. / Alhoraibi, H. / Lee, Y.H. / Blilou, I. / Arold, S.T. / Hirt, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w5c.cif.gz | 167.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w5c.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/7w5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2erkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40796.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: MPK4, At4g01370, F2N1.1, F2N1_2-t 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q39024, mitogen-activated protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1535.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q94A06, mitogen-activated protein kinase kinase |
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% v/v TacsimateTM pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.201→19.602 Å / Num. obs: 19910 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 0.779 / Net I/σ(I): 42.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.201→2.28 Å / Num. unique obs: 1920 / CC1/2: 0.473 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ERK 解像度: 2.201→19.602 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.201→19.602 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 59.0841 Å / Origin y: 38.5997 Å / Origin z: 23.79 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |