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- PDB-7w5c: Crystal structure of Mitogen Activated Protein Kinase 4 (MPK4) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5c
タイトルCrystal structure of Mitogen Activated Protein Kinase 4 (MPK4) from Arabidopsis thaliana
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 4
  • Mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / MPK4 / Kinase / ATPase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen-pistil interaction / cell plate / male meiosis cytokinesis / jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / hypotonic salinity response / cytokinesis by cell plate formation / cellular response to carbon dioxide / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of stomatal closure ...jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / pollen-pistil interaction / cell plate / male meiosis cytokinesis / jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / hypotonic salinity response / cytokinesis by cell plate formation / cellular response to carbon dioxide / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of stomatal closure / defense response to other organism / regulation of stomatal movement / pollen development / response to fungus / mitogen-activated protein kinase kinase / response to abscisic acid / cortical microtubule organization / response to water deprivation / hyperosmotic response / phosphorylation / MAP kinase kinase activity / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / response to salt stress / response to cold / response to molecule of bacterial origin / response to hydrogen peroxide / response to wounding / kinase activity / protein tyrosine kinase activity / microtubule / protein kinase activity / defense response to bacterium / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase 4 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other privateKing Abdullah University of Science and Technology
引用ジャーナル: New Phytol. / 年: 2023
タイトル: Essential role of the CD docking motif of MPK4 in plant immunity, growth, and development.
著者: Siodmak, A. / Shahul Hameed, U.F. / Rayapuram, N. / Volz, R. / Boudsocq, M. / Alharbi, S. / Alhoraibi, H. / Lee, Y.H. / Blilou, I. / Arold, S.T. / Hirt, H.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 4
Q: Mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8634
ポリマ－42,3322
非ポリマー5312
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.950, 132.950, 132.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 4 / AtMPK4 / MAP kinase 4


分子量: 40796.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MPK4, At4g01370, F2N1.1, F2N1_2-t
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q39024, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Mitogen-activated protein kinase kinase 1 / AtMKK1 / MAP kinase kinase 1 / AtMEK1 / NMAPKK


分子量: 1535.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q94A06, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% v/v TacsimateTM pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.201→19.602 Å / Num. obs: 19910 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 0.779 / Net I/σ(I): 42.91
反射 シェル解像度: 2.201→2.28 Å / Num. unique obs: 1920 / CC1/2: 0.473

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ERK

2erk


解像度: 2.201→19.602 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1016 5.11 %
Rwork0.176 --
obs0.1786 19885 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→19.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 32 76 3086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0914232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.181883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2012-2.31710.39661360.32912639X-RAY DIFFRACTION99
2.3171-2.4620.32761150.22582703X-RAY DIFFRACTION100
2.462-2.65170.25721760.19672664X-RAY DIFFRACTION100
2.6517-2.91770.24991530.17582658X-RAY DIFFRACTION100
2.9177-3.33810.22631260.17362715X-RAY DIFFRACTION100
3.3381-4.19890.19611490.14662712X-RAY DIFFRACTION100
4.1989-19.6020.19371610.16182778X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.0841 Å / Origin y: 38.5997 Å / Origin z: 23.79 Å
111213212223313233
T0.1647 Å20.0172 Å20.0242 Å2-0.2212 Å20.0509 Å2--0.2338 Å2
L0.8981 °20.065 °2-0.5598 °2-0.2766 °2-0.1425 °2--1.0636 °2
S-0.0014 Å °-0.0081 Å °0.0452 Å °-0.0364 Å °-0.065 Å °-0.0261 Å °-0.0337 Å °0.0898 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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