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- PDB-7w54: Crystal structure of a bacterial OTU DUB with Ub-PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w54
タイトルCrystal structure of a bacterial OTU DUB with Ub-PA
要素
  • Lpg2248
  • Polyubiquitin-B
キーワードHYDROLASE / DUB
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / Ubiquitin B / Dot/Icm T4SS effector
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Zhen, X. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the dual catalytic activity of the Legionella pneumophila ovarian tumor (OTU) domain deubiquitinase LotA.
著者: Luo, J. / Ruan, X. / Huang, Z. / Li, Z. / Ye, L. / Wu, Y. / Zhen, X. / Ouyang, S.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月5日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lpg2248
B: Lpg2248
C: Polyubiquitin-B
D: Polyubiquitin-B
E: Polyubiquitin-B
F: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5288
ポリマ－154,4146
非ポリマー1142
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.650, 126.090, 207.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lpg2248


分子量: 60167.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2248 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTB4
#2: タンパク質
Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#3: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3350, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→69.03 Å / Num. obs: 56934 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 69.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 2.64→2.71 Å / Num. unique obs: 3288 / CC1/2: 0.845

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIXモデル構築
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.64→63.045 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2532 1999 3.52 %RANDOM
Rwork0.2165 ---
obs0.2178 56844 98.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 248.93 Å2 / Biso mean: 77.8104 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→63.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10498 0 8 33 10539
Biso mean--20 66.94 -
残基数----1325
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.99 Å / Origin y: 28.881 Å / Origin z: 66.614 Å
111213212223313233
T0.3771 Å20.0348 Å20.0025 Å2-0.4186 Å20.0113 Å2--0.3664 Å2
L0.3192 °20.0724 °20.1571 °2-0.8264 °20.1597 °2--0.2107 °2
S-0.018 Å °0.0738 Å °-0.004 Å °0.1611 Å °0.0796 Å °0.0686 Å °0.0756 Å °0.0597 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 520
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 520
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 75
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 73
5X-RAY DIFFRACTION1E1 - 75
6X-RAY DIFFRACTION1F1 - 71
7X-RAY DIFFRACTION1A701 - 707
8X-RAY DIFFRACTION1B601 - 620
9X-RAY DIFFRACTION1C101 - 104
10X-RAY DIFFRACTION1D101
11X-RAY DIFFRACTION1E201
12X-RAY DIFFRACTION1A601
13X-RAY DIFFRACTION1E101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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