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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w42 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis YjoB | ||||||
要素 | Uncharacterized ATPase YjoB | ||||||
キーワード | HYDROLASE / AAA protein / chaperone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein import into peroxisome matrix / 加水分解酵素 / peroxisomal membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.619 Å | ||||||
データ登録者 | Dahal, P. / Kwon, E. / Kim, D.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Crystal structure and biochemical analysis suggest that YjoB ATPase is a putative substrate-specific molecular chaperone. 著者: Kwon, E. / Dahal, P. / Kim, D.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w42.cif.gz | 176.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w42.ent.gz | 139.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w42_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w42_full_validation.pdf.gz | 450.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w42_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w42_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/7w42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/7w42 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7w43C 7w46C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48975.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yjoB, BSU12420 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: O34703, 加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 5% (v/v) PEG 400, 2 M ammonium, citrate/citric acid (pH 7.5), 10 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.619→50 Å / Num. obs: 42649 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 4419 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.619→36.302 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.03 Å2 / Biso mean: 49.2697 Å2 / Biso min: 19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.619→36.302 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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