+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w3u | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | USP34 catalytic domain in complex with UbPA | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | HYDROLASE / USP34 in complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein K48-linked deubiquitination / protein deubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity ...protein K48-linked deubiquitination / protein deubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xu, G.L. / Ming, Z.H. | |||||||||
資金援助 | 2件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism and Ubiquitin Recognition of USP34. 著者: Xu, G. / Su, H. / Lu, L. / Liu, X. / Zhao, L. / Tang, B. / Ming, Z. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 514.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 511.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w3rSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44897.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q70CQ2, ubiquitinyl hydrolase 1 #2: タンパク質 | 分子量: 8519.778 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: J3QS39 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.13→23.596 Å / Num. obs: 27763 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 15.21 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.13→3.242 Å / CC1/2: 0.721 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7W3R 解像度: 3.13→23.596 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 186.28 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 48.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.13→23.596 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.9224 Å / Origin y: 48.5643 Å / Origin z: 17.549 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|