PDB-7w3u: USP34 catalytic domain in complex with UbPA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w3u

タイトル

USP34 catalytic domain in complex with UbPA

要素

Polyubiquitin-B
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / USP34 in complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein K48-linked deubiquitination / protein deubiquitination / TCF dependent signaling in response to WNT /

Wntシグナル経路 / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process /

ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Xu, G.L. / Ming, Z.H.

資金援助

2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism and Ubiquitin Recognition of USP34.
著者: Xu, G. / Su, H. / Lu, L. / Liu, X. / Zhao, L. / Tang, B. / Ming, Z.

履歴

登録	2021年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2024年2月7日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.1	2024年4月24日	Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w3u.cif.gz	514.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w3u.ent.gz	429.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/7w3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/7w3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w3rSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

D: Polyubiquitin-B

E: Polyubiquitin-B

F: Polyubiquitin-B

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

D: Polyubiquitin-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

E: Polyubiquitin-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34

F: Polyubiquitin-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.020, 71.330, 111.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 34 / Deubiquitinating enzyme 34 / Ubiquitin thioesterase 34 / Ubiquitin-specific-processing protease 34 分子量: 44897.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP34, KIAA0570, KIAA0729 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q70CQ2, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質	Polyubiquitin-B 分子量: 8519.778 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: J3QS39
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン / アリルアミン分子量: 57.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇N
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.13→23.596 Å / Num. obs: 27763 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 15.21 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 3.13→3.242 Å / CC_1/2: 0.721

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7W3R

7w3r

解像度: 3.13→23.596 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	3751	7.22 %
R_work	0.2166	48207	-
obs	0.2187	27700	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 186.28 Å² / B_iso mean: 70 Å² / B_iso min: 48.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.13→23.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10105	0	15	0	10120
B_iso mean	-	-	105.71	-	-
残基数	-	-	-	-	1239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.13-3.1695	0.3708	141	0.3526	1804	100
3.1695-3.2111	0.375	137	0.3527	1770	100
3.2111-3.255	0.3659	145	0.343	1822	100
3.255-3.3014	0.3041	138	0.3	1780	100
3.3014-3.3505	0.3732	140	0.3173	1753	100
3.3505-3.4028	0.3079	142	0.2952	1812	100
3.4028-3.4584	0.302	133	0.2714	1745	100
3.4584-3.5178	0.2966	137	0.263	1813	100
3.5178-3.5816	0.319	141	0.2637	1815	100
3.5816-3.6502	0.2843	139	0.2497	1759	100
3.6502-3.7244	0.292	137	0.2434	1819	100
3.7244-3.8051	0.2538	136	0.2354	1749	100
3.8051-3.8932	0.2735	143	0.234	1819	100
3.8932-3.9901	0.2285	145	0.2126	1782	99
3.9901-4.0975	0.2655	139	0.1963	1766	100
4.0975-4.2174	0.2651	134	0.1951	1775	100
4.2174-4.3527	0.215	140	0.1828	1789	100
4.3527-4.5073	0.1946	138	0.173	1806	100
4.5073-4.6864	0.2039	138	0.1791	1786	100
4.6864-4.8978	0.1854	137	0.1757	1803	100
4.8978-5.1535	0.1874	137	0.173	1778	100
5.1535-5.4727	0.2316	140	0.1954	1803	100
5.4727-5.8891	0.2828	137	0.2113	1780	100
5.8891-6.4707	0.2376	144	0.2269	1784	100
6.4707-7.3818	0.2495	139	0.2171	1782	100
7.3818-9.2074	0.2094	131	0.1823	1782	100
9.2074-23.596	0.2057	143	0.1895	1731	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.9224 Å / Origin y: 48.5643 Å / Origin z: 17.549 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5663 Å²	0.0233 Å²	0.0454 Å²	-	0.4694 Å²	-0.0834 Å²	-	-	0.6127 Å²
L	0.6056 °²	0.1998 °²	-0.0887 °²	-	1.0609 °²	-0.4447 °²	-	-	1.761 °²
S	-0.001 Å °	0.1657 Å °	-0.002 Å °	-0.2655 Å °	0.069 Å °	-0.0951 Å °	-0.0879 Å °	0.1724 Å °	-0.0625 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1892 - 2268
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2289
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1892 - 2267
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2289
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1892 - 2268
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2289
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	101
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	101
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	101

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関連情報:EMDBヘッダ

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