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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w3s | ||||||
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タイトル | The complex structure of Larg1-ADPr from Legionella pneumophila | ||||||
要素 | Type IV secretion protein Dot | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Legionella pneumophila effector complex / ADPr | ||||||
機能・相同性 | Chem-AR6 / Type IV secretion protein Dot 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.324 Å | ||||||
データ登録者 | Ouyang, S. / Guan, H. / Li, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: mLife / 年: 2022 タイトル: Legionella pneumophila temporally regulates the activity of ADP/ATP translocases by reversible ADP-ribosylation. 著者: Fu, J. / Li, P. / Guan, H. / Huang, D. / Song, L. / Ouyang, S. / Luo, Z.Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w3s.cif.gz | 347.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w3s.ent.gz | 291.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w3s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w3s_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w3s_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7w3s_validation.xml.gz | 68.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w3s_validation.cif.gz | 94.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/7w3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/7w3s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47037.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_15620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F197 #2: 化合物 | ChemComp-AR6 / [( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: counter-diffusion 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 7.5, 5% polyethylene glycol 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→53.42 Å / Num. obs: 94202 / % possible obs: 97.54 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.324→2.407 Å / Num. unique obs: 9251 / CC1/2: 0.773 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.324→53.416 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.79 Å2 / Biso mean: 42.2779 Å2 / Biso min: 18.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.324→53.416 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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