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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w3s | ||||||
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Title | The complex structure of Larg1-ADPr from Legionella pneumophila | ||||||
![]() | Type IV secretion protein Dot | ||||||
![]() | HYDROLASE / Legionella pneumophila effector complex / ADPr | ||||||
Function / homology | Chem-AR6 / Type IV secretion protein Dot![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ouyang, S. / Guan, H. / Li, P. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Legionella pneumophila temporally regulates the activity of ADP/ATP translocases by reversible ADP-ribosylation. Authors: Fu, J. / Li, P. / Guan, H. / Huang, D. / Song, L. / Ouyang, S. / Luo, Z.Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 347.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 291.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 94.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 47037.523 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-AR6 / [( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: counter-diffusion Details: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 7.5, 5% polyethylene glycol 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.32→53.42 Å / Num. obs: 94202 / % possible obs: 97.54 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.09 |
Reflection shell | Resolution: 2.324→2.407 Å / Num. unique obs: 9251 / CC1/2: 0.773 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.79 Å2 / Biso mean: 42.2779 Å2 / Biso min: 18.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.324→53.416 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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