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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w33 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of human CtsL in complex with 14a | ||||||
要素 | Procathepsin L | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Human protease / CtsL / Antiviral inhibitor / 14a | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / protein autoprocessing / Collagen degradation / collagen catabolic process / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / Attachment and Entry / endocytic vesicle lumen / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / histone binding / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / lysosome / symbiont entry into host cell / immune response / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Shao, M. / Zhao, J. / Yang, H. / Rao, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of human CtsL in complex with 14a 著者: Zhao, Y. / Shao, M. / Zhao, J. / Yang, H. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w33.cif.gz | 62.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w33.ent.gz | 41.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w33.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w33_validation.pdf.gz | 794.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w33_full_validation.pdf.gz | 798.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w33_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w33_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/7w33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/7w33 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7w34C 8gx2C 6f06S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37605.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL, CTSL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07711, cathepsin L |
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#2: 化合物 | ChemComp-89B / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.86 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 100mM sodium acetate (pH 4.1), 15% (w/v) PEG 2000, protein concentration 8 mg/ml |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.39→34.53 Å / Num. obs: 11299 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.631 % / Biso Wilson estimate: 49.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rrim(I) all: 0.337 / Χ2: 0.763 / Net I/σ(I): 11.26 / Num. measured all: 289600 / Scaling rejects: 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6F06 解像度: 2.39→34.53 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.82 Å2 / Biso mean: 68.5029 Å2 / Biso min: 47.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.39→34.53 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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