PDB-7w2q: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa transcriptional regul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w2q

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator PvrA in the narrow conformation

要素

Probable transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / TetR / transcriptinal regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bao, R. / Zhu, Y.B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa PvrA cooperatively binds to multiple pseudo-palindromic sites to hyper stimulate target gene expression
著者: Bao, R. / Zhu, Y.B.

履歴

登録	2021年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w2q.cif.gz	221.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w2q.ent.gz	149 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7w2oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Probable transcriptional regulator

A: Probable transcriptional regulator

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.162, 44.162, 251.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁
Space group name Hall	P4w
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 7 through 204)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LYS	LYS	B	1 - 198
d_2	1	ens_1	LYS	LYS	A	4 - 201

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.00480135482139, 0.999836894768, 0.0174106534216), (0.999907284046, 0.00457837758451, 0.0128242649264), (0.0127424606763, 0.0174706130225, -0.999766176352) ...

#1: タンパク質	Probable transcriptional regulator / PvrA 分子量: 25071.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA2957 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HZP1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Probable transcriptional regulator / PvrA

分子量: 25071.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA2957
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HZP1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES,14% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→22.08 Å / Num. obs: 44339 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.82
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 4425 / CC_1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データ削減
XDS		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→22.08 Å / SU ML: 0.1781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 25.4236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	1995	4.5 %
R_work	0.1838	42317	-
obs	0.1852	44312	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3339	0	0	197	3536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	3412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.0484	4580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0675	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0252	594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.1607	452

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.0298831948 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.85	0.3186	138	0.2505	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.85-1.89	0.249	146	0.2165	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.89-1.95	0.2544	138	0.2191	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.95-2.01	0.2407	145	0.207	3077	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.01-2.09	0.2309	141	0.2032	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.2551	148	0.1977	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.2045	143	0.1931	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.2395	145	0.1929	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2199	143	0.197	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.73	0.2221	149	0.2022	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-3.01	0.2351	139	0.2064	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.44	0.2121	140	0.1993	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.44-4.33	0.1925	137	0.1617	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-22.08	0.1875	143	0.1517	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.89511418016	-2.37415857738	-1.32424146827	3.14046293064	-1.73707370559	2.61829841197	-0.636149095295	-0.259898920089	-0.127986589822	1.51235733625	0.653607404243	-0.397703255172	-0.718551071333	-0.356688032489	-0.193879679276	0.728265327315	-0.0567501231698	-0.0377637227496	0.783816872712	-0.0670934018401	0.985655621588	15.7280805176	5.58291656315	45.861716735
2	5.0856639444	1.04727415774	0.27171300792	2.81941067802	0.883563093213	1.10456091876	-0.200299306801	-0.101944274305	-0.326365889251	-0.0847398086628	0.17449818545	-0.0466916866832	-0.00905068463074	0.102577934606	0.00785624456653	0.270663541154	-0.00508219759344	0.00569953418438	0.306055003573	0.0303128837353	0.22315806961	8.35617662948	-13.9466135932	35.7484874699
3	3.47060962395	4.08107576808	-6.24558552992	3.34345726843	-5.79336115827	6.68670711899	0.521617797496	-0.321492849263	0.633027240777	0.489223191362	-0.109927569262	0.591697686884	-0.366848478943	-0.0743418021455	-0.398325285173	0.262628465621	0.00917071337289	0.00897841719852	0.278643001435	-0.0258194523374	0.407640584127	3.60439431916	-1.68049507537	36.6042448489
4	1.91884792173	-1.86732314237	0.11641086441	5.91862172562	-1.11820183271	0.860461694159	-0.0576279712321	0.0119729423095	0.0248562058818	0.100859386458	0.0544076805132	0.23861972146	-0.130986248356	0.0328937659544	-0.0112699963757	0.200691783341	-0.0371724758554	-0.00323932408902	0.192919284657	-0.024264319212	0.196069922825	14.4773457093	-5.21898644499	26.7735495439
5	5.60363333217	5.87684447294	5.29794985433	6.06331814993	5.54607542193	5.0101572628	0.502175211358	-0.536366297665	-1.05533162134	0.981729425042	-0.720942639368	-0.727854771783	1.26620255456	0.182305448112	0.0901436830595	0.414057664656	-0.0113622895849	0.00887115815408	0.346266323346	0.0721412512729	0.656289733577	23.6498340235	-25.9465577033	30.3814693489
6	4.02285109201	-0.966242223277	-0.307133124159	0.544323642108	-0.609610748807	5.37085765487	0.0030221560583	-0.234779764356	0.556436354566	0.41551581322	-0.125734403637	-0.0382733784718	-0.50138828923	0.188775275417	0.10375737082	0.192218506136	-0.0856595615267	0.0117786457359	0.252518112454	-0.0397767552	0.306324718469	25.044507851	-6.14627877926	29.9587768738
7	6.10104207291	-1.08224678886	-1.38458102495	4.18226680975	1.35865323722	2.53852969915	0.0880024748532	0.9586267864	0.293130162388	-0.868661737888	-0.239444851252	0.0610215610914	-0.397558558071	-0.550042747577	-0.0283507486799	0.596144154357	0.0476455416035	-0.150972264675	0.414611215891	0.0468035398314	0.455338515448	8.50408368306	-25.0071923725	-6.12175307841
8	4.63139484107	-0.290580153073	0.30504200399	3.56780654575	0.282341899252	4.61004759085	0.125936778543	0.257599782987	-0.186328453577	-0.596358490589	-0.161718804772	0.663547944728	0.142760829482	-0.51289825411	0.0952999173682	0.377612825221	0.0153429401948	-0.082478495354	0.291297438588	-0.0416410257703	0.327274358504	7.29782783443	-28.71312758	1.55348586028
9	0.168157966544	0.5135321575	0.272465593038	2.09073368006	1.17781903779	0.650254090176	0.127999794689	2.03031832477	-0.191064417508	-1.89290747658	0.277475105476	-1.09207827677	0.148696259385	1.78495734418	-0.0777620816677	0.998697429733	0.102709523836	0.269712359121	0.871427121116	0.192322637264	1.05175440781	34.0018100328	-11.593477082	2.25503480204
10	9.14260960321	2.22741329086	-0.524729881765	5.71562397756	0.896430114988	4.06577289262	-0.0347474754016	0.355832380673	0.575105204762	-0.0136404690644	0.0203455768205	-0.119270621349	-0.387966086665	0.235377352555	0.17154113679	0.333114689928	0.00450899403251	0.0214203428716	0.220298401081	0.023122203106	0.217274858077	22.8978334176	-10.4637241669	11.6081858763
11	4.48305464206	1.94561806397	1.00804978334	9.4406015442	1.23741846011	2.83575485346	-0.140354753993	-0.0603800671415	-0.0468169154123	0.373925689104	0.101528101543	0.200155622757	-0.31983377182	-0.0264322784657	0.202800757544	0.322711468045	-0.004184341582	-0.00290905559739	0.249929948921	-0.0336785522482	0.296718889153	8.92439150384	-21.6576571904	13.5656069461
12	6.43783998289	-0.185232618223	-1.44900126944	7.23264569537	0.379722921829	8.50692306315	0.179557145947	0.0870378980203	-0.174894158849	0.404922230001	0.0589146214208	0.398644300297	0.906374834153	-0.304073690874	-0.0884633069343	0.363774742368	-0.0536524653379	-0.0467649616603	0.212622325768	0.02738617462	0.355559760463	11.3285801006	-36.5321612791	13.4146693878
13	5.40734541551	5.8033976104	2.79453134415	7.49664267661	3.46155549656	2.39903201597	-0.0331429927502	0.492574943536	-0.519627802227	-0.266614026032	0.31349990628	-0.743398112766	0.0421681192383	0.37987077598	-0.270436040977	0.228619869578	0.0102560891046	0.00975202418009	0.236409711671	0.000736642162168	0.319738701263	26.7472110546	-24.7934709632	12.1146071963
14	7.1361076286	-1.64031287922	0.42704537753	1.75784617297	-0.465962757047	0.789415923225	0.099688568533	0.226281290433	0.0699357271659	-0.0452213389259	-0.114370467531	-0.0445718329475	0.0270102468083	0.127095524227	0.0836290525029	0.230105496719	-0.0425345603401	0.0245496225707	0.233533443803	-0.0159513530554	0.208046556343	23.1725929776	-13.8576091141	21.8944965592
15	8.23062652464	1.81024476058	-1.35475062924	5.65302137912	-2.20716225894	3.58037355723	-0.289642646672	0.720059881206	1.10568349674	-0.0278167007866	0.71469845366	0.97920601635	-0.148041671153	-0.926876201549	-0.259467738463	0.259867721144	-0.0509253554973	-0.00375301293199	0.337327272653	0.016902029345	0.515034681751	2.46406889814	-4.75077014744	18.3555454311
16	2.41499390272	-3.02713987849	1.17644814801	4.0564930774	-1.46132179693	3.41407096707	-0.158521861889	0.163724294457	0.3334052991	0.102407219659	-0.0202750126637	-0.394935383271	-0.285810035925	0.380350669733	0.234378333279	0.252021007046	-0.0556975204566	0.0307755296345	0.232979271594	-0.00603000019596	0.302867221348	22.2392044589	-3.33280279738	18.8364951795
17	4.79057175257	0.577852310482	-2.56600692013	4.21297731393	-1.10009785836	5.679908607	-0.123051754262	-1.13335486484	-0.674703629477	0.739683232441	-0.53750748114	-0.587162356921	0.35536658786	0.531808236924	0.389785495249	0.423181558235	-0.048476499937	-0.0819473429596	0.696859927895	0.336165859034	0.533241080981	0.0574472166104	-25.3003323408	51.1814636924
18	7.30225990353	7.1871217602	-1.28556529577	9.33294009635	-1.15205675768	3.42300473824	0.362061125525	-0.872748048853	-0.177629014917	0.47534494766	-0.357577952178	-0.096435067603	-0.155336192535	-0.0111520258108	-0.0373474523666	0.258518202574	-0.00473907590581	0.00543251802292	0.456248315218	0.0505120841504	0.234814487089	2.76923734666	-13.1611354908	43.3269689269

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 77 through 84 )	A	B	77 - 84	71 - 78
2	2	chain 'A' and (resid 85 through 119 )	A	B	85 - 119	79 - 113
3	3	chain 'A' and (resid 120 through 146 )	A	B	120 - 146	114 - 140
4	4	chain 'A' and (resid 147 through 174 )	A	B	147 - 174	141 - 168
5	5	chain 'A' and (resid 175 through 185 )	A	B	175 - 185	169 - 179
6	6	chain 'A' and (resid 186 through 204 )	A	B	186 - 204	180 - 198
7	7	chain 'B' and (resid 4 through 29 )	B	A	4 - 29	1 - 26
8	8	chain 'B' and (resid 30 through 76 )	B	A	30 - 76	27 - 73
9	9	chain 'B' and (resid 77 through 84 )	B	A	77 - 84	74 - 81
10	10	chain 'B' and (resid 85 through 97 )	B	A	85 - 97	82 - 94
11	11	chain 'B' and (resid 98 through 112 )	B	A	98 - 112	95 - 109
12	12	chain 'B' and (resid 113 through 119 )	B	A	113 - 119	110 - 116
13	13	chain 'B' and (resid 120 through 146 )	B	A	120 - 146	117 - 143
14	14	chain 'B' and (resid 147 through 174 )	B	A	147 - 174	144 - 171
15	15	chain 'B' and (resid 175 through 185 )	B	A	175 - 185	172 - 182
16	16	chain 'B' and (resid 186 through 204 )	B	A	186 - 204	183 - 201
17	17	chain 'A' and (resid 7 through 56 )	A	B	7 - 56	1 - 50
18	18	chain 'A' and (resid 57 through 76 )	A	B	57 - 76	51 - 70

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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