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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w2o
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator PvrA in the wide conformation
要素Probable transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR / regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain (WHG) / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Bao, R. / Zhu, Y.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81871615 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa PvrA cooperatively binds to multiple pseudo-palindromic sites to hyper stimulate target gene expression
著者: Bao, R. / Zhu, Y.B.
履歴
登録2021年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Probable transcriptional regulator
A: Probable transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1442
ポリマ－50,1442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.098, 84.098, 148.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulator / PvrA


分子量: 25071.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA2957
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HZP1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate,0.1M sodium cacodylate,30%PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→38.03 Å / Num. obs: 9186 / % possible obs: 99.23 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 76.19 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 41.11
反射 シェル解像度: 3.21→3.3 Å / Num. unique obs: 864 / CC1/2: 0.851

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.21→38.03 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.5081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 915 10.01 %
Rwork0.2676 8225 -
obs0.2724 9140 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 101.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→38.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3348 0 0 0 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00393422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87074592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.618454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-3.380.37141250.31931121X-RAY DIFFRACTION97.73
3.38-3.590.36371260.31991145X-RAY DIFFRACTION99.76
3.59-3.870.30391290.29961158X-RAY DIFFRACTION99.46
3.87-4.260.30491300.26611158X-RAY DIFFRACTION99.69
4.26-4.880.27671290.24391172X-RAY DIFFRACTION99.46
4.88-6.140.37821330.2841199X-RAY DIFFRACTION99.85
6.14-38.030.281430.23441272X-RAY DIFFRACTION99.3
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.462056352812.11517203075-1.887771685013.97691819066-0.02208700451552.86660423203-0.3159514174231.08590894468-1.476019686690.881234071090.06745546900880.3168033482411.025787863320.959254548442-0.05715270312080.9594286799180.0697867115420.07328205440480.9371072393140.0404252252041.26738847071-6.1386441851613.223811297620.5623359813
24.410998327430.4327826067461.485693161413.92639731021-2.171758262794.4956241565-0.109222625749-0.6339271149730.1282863584530.4003165554120.2087394040510.117192231740.4833819401320.0997821374472-0.2594402098410.4351537561940.1782136243470.02218924666960.463863456231-0.09503000707580.4383601841655.5559881550930.453114469919.8883921314
36.37832150284-0.915054851585-0.8955969683015.77531559469-2.660856601281.501281347260.9996859337721.859163653420.153921894091-1.589022104640.6752356355510.564280733798-3.11601552013-0.244152510436-0.8815134600162.988424255480.383233603649-0.0891178260221.76170701516-0.1296894535040.912051635932-3.2026609547572.474537561614.7982748857
45.78194096384-3.09830459548-2.083264305257.419829164931.045547995333.148794094970.5918180430940.93819385020.720336391162-1.95445156506-0.4214265639620.43320016037-1.05309198999-0.609199495519-0.2558506637621.165424540580.0146613735094-0.3511100968260.671181633763-0.05982676202190.654074414769-3.4430478368763.707394792311.1542708462
55.00261966353-1.7597062102-0.1278867229764.727692912892.183255982925.19880161348-0.3078493771551.345866425110.302115319991-0.544112859489-0.3626312386950.640636477738-1.34274078787-0.2755236096540.6870622183260.942902069704-0.199834458465-0.3959951181050.41218629588-0.08861210033840.7058565124531.8924296230552.27107196447.03604076277
66.06506215762-0.731556705598-1.800988669022.01726634064-0.5923072150864.89836762429-0.1090626528670.1814941014580.4575630788320.0143733722830.0461244096146-0.201847610455-1.059398968960.0834807843497-0.06628884414750.430823897135-0.316070956392-0.1532407924020.889224421137-0.06165664340030.47405739796811.0756424143.344719629916.1051513928
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 5 through 86 )CA5 - 861 - 82
22chain 'C' and (resid 87 through 204 )CA87 - 20483 - 200
33chain 'A' and (resid 5 through 28 )AB5 - 281 - 24
44chain 'A' and (resid 29 through 86 )AB29 - 8625 - 82
55chain 'A' and (resid 87 through 147 )AB87 - 14783 - 143
66chain 'A' and (resid 148 through 204 )AB148 - 204144 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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