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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w2j | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from Gluconobacter japonicus | |||||||||
![]() | (Fructose dehydrogenase ...) x 3 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Complex / OXIDOREDUCTASE Membrane-bound protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fructose 5-dehydrogenase / fructose 5-dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / fructose metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Suzuki, Y. / Makino, F. / Miyata, T. / Tanaka, H. / Namba, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Essential Insight of Direct Electron Transfer-Type Bioelectrocatalysis by Membrane-Bound d-Fructose Dehydrogenase with Structural Bioelectrochemistry 著者: Suzuki, Y. / Makino, F. / Miyata, T. / Tanaka, H. / Namba, K. / Kano, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 376.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 302.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32262MC ![]() 7wsqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Fructose dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 59798.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fdhL / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 20106.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fdhS / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 52252.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fdhC / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-HEC / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: D-fructose dehydrogenase from Gluconobacter japonicus タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.14 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 倍率(補正後): 56754 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 40 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 0.01 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5575 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 365385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91745 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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