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- PDB-7w2i: Crystal structure of LOG (Rv1205) from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w2i
タイトルCrystal structure of LOG (Rv1205) from Mycobacterium tuberculosis
要素(Cytokinin riboside 5'-monophosphate ...) x 2
キーワードHYDROLASE / LOG / Rv1205 / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase LOG / cytokinin biosynthetic process / LOG family / Possible lysine decarboxylase / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shang, L. / Zhang, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government2019B1515120041
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the cytokinin-producing enzyme "lonely guy" (LOG) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Shang, L. / Li, G. / Lin, Q. / Ou, M. / Liang, J. / Xiao, G. / Wang, Z. / Cui, S. / Zhang, T. / Liu, L. / Zhang, G.
履歴
登録2021年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,15314
ポリマ－76,6094
非ポリマー54410
水13,079726
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.958, 75.976, 134.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Cytokinin riboside 5'-monophosphate ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase


分子量: 19613.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: yvdD, E5M05_07430, E5M52_06270, ERS007670_00485, ERS007683_01414, ERS007703_01029, ERS007720_04465, ERS007722_04210, ERS013440_03167, ERS024276_02377, ERS027646_02317, ERS027661_02284, ...遺伝子: yvdD, E5M05_07430, E5M52_06270, ERS007670_00485, ERS007683_01414, ERS007703_01029, ERS007720_04465, ERS007722_04210, ERS013440_03167, ERS024276_02377, ERS027646_02317, ERS027661_02284, FPJ30_06615, FPJ31_06635, FPJ32_06600, FPJ33_06635, FPJ34_06605, FPJ35_06645, FPJ36_06610, FPJ37_06625, FPJ38_06685, FPJ39_06605, FPJ40_06630, FPJ41_06610, FPJ42_06600, FPJ43_06625, FPJ44_06630, FPJ45_06605, FPJ46_06605, FPJ47_06620, FPJ48_06590, FPJ49_06625, FPJ50_06605, FPJ51_06600, FPJ52_06615, FPJ53_06605, FPJ54_06615, FPJ55_06630, FPJ56_06605, FPJ57_06600, FPJ58_06625, FPJ59_06615, FPJ60_06630, FPJ61_06605, FPJ62_06605, FPJ63_06620, FPJ64_06630, FPJ65_06615, FPJ66_06605, FPJ67_06650, FPJ69_06650, FPJ70_06650, FPJ71_06650, FPJ72_05390, FPJ73_06605, FPJ76_06570, FPJ77_06635, FPJ78_06620, FPJ79_06645, FPJ80_06625, FPJ81_06635, FPJ82_06640, FPJ83_14970, FPJ84_06625, FPJ85_14960, FPJ86_14950, FPJ87_14955, FPJ88_06580, FPJ89_06625, FPJ90_06600, FPJ91_06645, FPJ92_06600, FPJ93_06635, FPJ94_05385, FPJ95_06625, FPJ96_06640, FPJ97_06645, FPJ98_06615, FPJ99_06640, FPK00_06610, FPK01_06670, FPK02_06615, FPK03_06630, FPK04_06630, FPK05_06625, FPK06_06610, FPK07_06620, FPK08_06630, FPK09_06625, FPK10_05385, FPK11_06625, FPK12_06590, FPK13_06620, FPK14_06625, FPK16_06620, FPK17_06620, FPK18_06620, FPK19_06635, FPK20_06635, FPK21_06605, FPK22_06630, HRD52_06340, HRD53_06340, SAMEA2683035_01466
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045J166, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: タンパク質 Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase


分子量: 18998.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: yvdD, E5M05_07430, E5M52_06270, ERS007670_00485, ERS007683_01414, ERS007703_01029, ERS007720_04465, ERS007722_04210, ERS013440_03167, ERS024276_02377, ERS027646_02317, ERS027661_02284, ...遺伝子: yvdD, E5M05_07430, E5M52_06270, ERS007670_00485, ERS007683_01414, ERS007703_01029, ERS007720_04465, ERS007722_04210, ERS013440_03167, ERS024276_02377, ERS027646_02317, ERS027661_02284, FPJ30_06615, FPJ31_06635, FPJ32_06600, FPJ33_06635, FPJ34_06605, FPJ35_06645, FPJ36_06610, FPJ37_06625, FPJ38_06685, FPJ39_06605, FPJ40_06630, FPJ41_06610, FPJ42_06600, FPJ43_06625, FPJ44_06630, FPJ45_06605, FPJ46_06605, FPJ47_06620, FPJ48_06590, FPJ49_06625, FPJ50_06605, FPJ51_06600, FPJ52_06615, FPJ53_06605, FPJ54_06615, FPJ55_06630, FPJ56_06605, FPJ57_06600, FPJ58_06625, FPJ59_06615, FPJ60_06630, FPJ61_06605, FPJ62_06605, FPJ63_06620, FPJ64_06630, FPJ65_06615, FPJ66_06605, FPJ67_06650, FPJ69_06650, FPJ70_06650, FPJ71_06650, FPJ72_05390, FPJ73_06605, FPJ76_06570, FPJ77_06635, FPJ78_06620, FPJ79_06645, FPJ80_06625, FPJ81_06635, FPJ82_06640, FPJ83_14970, FPJ84_06625, FPJ85_14960, FPJ86_14950, FPJ87_14955, FPJ88_06580, FPJ89_06625, FPJ90_06600, FPJ91_06645, FPJ92_06600, FPJ93_06635, FPJ94_05385, FPJ95_06625, FPJ96_06640, FPJ97_06645, FPJ98_06615, FPJ99_06640, FPK00_06610, FPK01_06670, FPK02_06615, FPK03_06630, FPK04_06630, FPK05_06625, FPK06_06610, FPK07_06620, FPK08_06630, FPK09_06625, FPK10_05385, FPK11_06625, FPK12_06590, FPK13_06620, FPK14_06625, FPK16_06620, FPK17_06620, FPK18_06620, FPK19_06635, FPK20_06635, FPK21_06605, FPK22_06630, HRD52_06340, HRD53_06340, SAMEA2683035_01466
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045J166, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 736分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3,350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.93 Å / Num. obs: 65281 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 3650 / CC1/2: 0.775

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qua

3qua


解像度: 1.8→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.698 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 3276 5 %RANDOM
Rwork0.1652 ---
obs0.1677 61925 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.52 Å2 / Biso mean: 18.923 Å2 / Biso min: 5.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5383 0 33 726 6142
Biso mean--43.49 31.8 -
残基数----714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.6247597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4491.57611834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2095718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77421.811254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80115811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021226
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 243 -
Rwork0.258 4344 -
all-4587 -
obs--95.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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