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- PDB-7w2a: gliadinase Bga1903 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w2a
タイトルgliadinase Bga1903
要素Peptidase
キーワードLYASE / Serine Protease / Celiac Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase MprA-like catalytic domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia gladioli pv. gladioli (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Meng, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a Burkholderia peptidase and modification of the substrate-binding site for enhanced hydrolytic activity toward gluten-derived pro-immunogenic peptides.
著者: Liu, Y.Y. / Lin, I.C. / Chen, P.C. / Lee, C.C. / Meng, M.
履歴
登録2021年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase
B: Peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6528
ポリマ－72,4122
非ポリマー2406
水20,3931132
1
A: Peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3264
ポリマ－36,2061
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
2
B: Peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3264
ポリマ－36,2061
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.885, 83.885, 107.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Peptidase


分子量: 36205.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Burkholderia gladioli pv. gladioli (バクテリア)
参照: UniProt: A0A808VY57
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14.4% (V/V) PEG8000, 80 mM C2H6AsNaO2/HCl (PH6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (V/V) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 111122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 620583
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.665.60.308111170.9430.1420.3390.935100
1.66-1.725.60.245111060.9630.1130.271.099100
1.72-1.85.70.201110960.9730.0930.2221.068100
1.8-1.95.70.161111040.9820.0740.1771.109100
1.9-2.025.60.134111200.9860.0620.1471.014100
2.02-2.175.60.11111260.990.0510.1221.026100
2.17-2.395.60.096111380.9920.0450.1061.03100
2.39-2.745.50.091110830.9920.0430.1011.02100
2.74-3.455.30.075111080.9940.0360.0841.029100
3.45-305.50.053111240.9970.0250.0591.01899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5yl7

5yl7


解像度: 1.6→26.6 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 16.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1697 1995 1.8 %
Rwork0.1469 109066 -
obs0.1473 111061 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.16 Å2 / Biso mean: 15.5927 Å2 / Biso min: 4.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5032 0 6 1132 6170
Biso mean--7.82 28.2 -
残基数----710
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.20611380.16187765790399
1.64-1.680.17691400.151277647904100
1.68-1.730.16551460.150777797925100
1.73-1.790.18081400.155878618001100
1.79-1.850.19161380.151977367874100
1.85-1.930.17951340.154278007934100
1.93-2.020.14361420.143378257967100
2.02-2.120.18641480.148277907938100
2.12-2.260.19641420.146178127954100
2.26-2.430.17651520.147177897941100
2.43-2.670.19631400.151377977937100
2.67-3.060.17541490.15377607909100
3.06-3.850.1411460.141778117957100
3.85-26.60.15141400.135377777917100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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