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万見
- PDB-7w26: monolignol ferulate transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w26
タイトルmonolignol ferulate transferase
要素Ferulate monolignol transferase
キーワードTRANSFERASE / enzyme / plant protein
機能・相同性Transferase family / acyltransferase activity / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Ferulate monolignol transferase
機能・相同性情報
生物種Angelica sinensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Xi, L. / Shuliu, D. / Yue, F. / Yi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000901 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the plant feruloyl-coenzyme A monolignol transferase provides insights into the formation of monolignol ferulate conjugates.
著者: Liu, X. / Dai, S. / Zhou, Y. / Liu, J. / Li, D. / Zhang, J. / Zhu, Y. / Zhao, Q. / Feng, Y. / Zhang, Y.
履歴
登録2021年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferulate monolignol transferase
B: Ferulate monolignol transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6242
ポリマ－101,6242
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Ferulate monolignol transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8121
ポリマ－50,8121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferulate monolignol transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8121
ポリマ－50,8121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.420, 136.420, 102.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 192 or resid 194 through 442))
21(chain B and (resid 4 through 192 or resid 194 through 442))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHE(chain A and (resid 4 through 192 or resid 194 through 442))AA4 - 1924 - 192
12LEULEULEULEU(chain A and (resid 4 through 192 or resid 194 through 442))AA194 - 442194 - 442
21METMETPHEPHE(chain B and (resid 4 through 192 or resid 194 through 442))BB4 - 1924 - 192
22LEULEULEULEU(chain B and (resid 4 through 192 or resid 194 through 442))BB194 - 442194 - 442

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要素

#1: タンパク質 Ferulate monolignol transferase


分子量: 50811.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Angelica sinensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8NXL9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: potassium bromide, Tris, PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→96.46 Å / Num. obs: 37114 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 6.78 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.25
反射 シェル解像度: 2.43→2.58 Å / Num. unique obs: 5867 / CC1/2: 0.512

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bgh

2bgh


解像度: 2.43→96.46 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 1847 4.99 %
Rwork0.2159 35181 -
obs0.2184 37028 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.63 Å2 / Biso mean: 61.3239 Å2 / Biso min: 24.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→96.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6971 0 0 95 7066
Biso mean---51.15 -
残基数----880
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2642X-RAY DIFFRACTION9.255TORSIONAL
12B2642X-RAY DIFFRACTION9.255TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.43-2.50.41861160.3232631274798
2.5-2.570.35091440.29626742818100
2.57-2.650.31641270.281626622789100
2.65-2.750.34841520.26872662281499
2.75-2.860.32941360.264626772813100
2.86-2.990.3641450.277926652810100
2.99-3.140.3391250.260127122837100
3.14-3.340.27231560.238426892845100
3.34-3.60.28921410.213226792820100
3.6-3.960.24211770.194126822859100
3.96-4.530.20561480.170127382886100
4.54-5.710.22841370.174627852922100
5.71-96.460.23971430.206929253068100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.6811 Å / Origin y: 34.3728 Å / Origin z: -16.1161 Å
111213212223313233
T0.2898 Å20.0151 Å2-0.0198 Å2-0.2995 Å2-0.0053 Å2--0.3307 Å2
L0.164 °2-0.0405 °2-0.013 °2-0.1593 °20.0635 °2--0.5153 °2
S-0.0422 Å °0.0014 Å °0.0743 Å °0.003 Å °-0.0091 Å °0.0325 Å °-0.042 Å °-0.0245 Å °0.054 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 442
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 442
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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