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- PDB-7w1f: Crystal structure of the dNTP triphosphohydrolase PA1124 from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w1f
タイトルCrystal structure of the dNTP triphosphohydrolase PA1124 from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / dNTP triphosphohydrolase / PA1124 / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTPase / dGTPase activity / dGTP catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
dNTP triphosphohydrolase, type 1 / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, central domain superfamily / dNTP triphosphohydrolase / : / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Probable deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Oh, H.B. / Song, W.S. / Lee, K.C. / Park, S.C. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of the dNTP triphosphohydrolase PA1124 from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Oh, H.B. / Lee, K.C. / Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
B: Probable deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
C: Probable deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0716
ポリマ－171,8953
非ポリマー1763
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area55550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.077, 131.017, 136.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEPROPRO(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA11 - 1617 - 22
12ASPASPLYSLYS(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA29 - 19935 - 205
13GLYGLYVALVAL(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA223 - 238229 - 244
14ARGARGALAALA(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA242 - 318248 - 324
15GLUGLULEULEU(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA321 - 333327 - 339
16VALVALGLNGLN(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA335 - 430341 - 436
17PROPROVALVAL(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA434 - 458440 - 464
18GLUGLULEULEU(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA460 - 463466 - 469
19ARGARGLEULEU(chain 'A' and ((resid 11 through 14 and (name N...AA465 - 498471 - 504
21ILEILEPROPRO(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB11 - 1617 - 22
22ASPASPLYSLYS(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB29 - 19935 - 205
23GLYGLYVALVAL(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB223 - 238229 - 244
24ARGARGALAALA(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB242 - 318248 - 324
25GLUGLULEULEU(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB321 - 333327 - 339
26VALVALGLNGLN(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB335 - 430341 - 436
27PROPROVALVAL(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB434 - 458440 - 464
28GLUGLULEULEU(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB460 - 463466 - 469
29ARGARGLEULEU(chain 'B' and ((resid 11 through 14 and (name N...BB465 - 498471 - 504
31ILEILEPROPRO(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC11 - 1617 - 22
32ASPASPLYSLYS(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC29 - 19935 - 205
33GLYGLYVALVAL(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC223 - 238229 - 244
34ARGARGALAALA(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC242 - 318248 - 324
35GLUGLULEULEU(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC321 - 333327 - 339
36VALVALGLNGLN(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC335 - 430341 - 436
37PROPROVALVAL(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC434 - 458440 - 464
38GLUGLULEULEU(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC460 - 463466 - 469
39ARGARGLEULEU(chain 'C' and (resid 11 through 17 or (resid 29...CC465 - 498471 - 504

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要素

#1: タンパク質 Probable deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase / dGTP triphosphohydrolase / dGTPase


分子量: 57298.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: dgt, CGU42_27675, DT376_15175, ECC04_023415, GNQ48_17405, IPC1339_07895
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q3JKU0, dGTPase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 2000, calcium acetate, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 34710 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 89.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3459 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X9E

4x9e


解像度: 2.9→29.66 Å / SU ML: 0.4308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 1660 4.79 %
Rwork0.2304 32995 -
obs0.2325 34655 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10318 0 0 0 10318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005210533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.745214358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04381632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.75613656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.40881170.31752740X-RAY DIFFRACTION98.31
2.99-3.080.32871280.3072763X-RAY DIFFRACTION99.38
3.08-3.190.34331400.28962759X-RAY DIFFRACTION98.71
3.19-3.320.34161520.28372758X-RAY DIFFRACTION98.81
3.32-3.470.32531420.25792742X-RAY DIFFRACTION98.7
3.47-3.650.33241450.24412751X-RAY DIFFRACTION97.97
3.65-3.880.2721410.2352742X-RAY DIFFRACTION98.23
3.88-4.180.28491530.22342736X-RAY DIFFRACTION97.5
4.18-4.60.25021170.20212768X-RAY DIFFRACTION97.14
4.6-5.260.28781420.21282769X-RAY DIFFRACTION97.07
5.26-6.620.29961640.25712713X-RAY DIFFRACTION95.45
6.62-29.660.18351190.19852754X-RAY DIFFRACTION90.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.78973521731-0.5088264930160.8340864725423.375901177661.064894102291.6502891509-0.463995540168-0.400264449112-0.3165097056041.261732809370.3812521459350.1911256294490.319629054188-0.0826055084970.04700591111951.682400787510.1012076643920.1676097997920.4630355232880.06882112346030.811715754305-6.69773518191-0.02053515322713.2231632486
21.27009087091-0.1678928588790.2262210298271.505622463041.029034653173.15357071577-0.349413331777-0.177847331840.2510154869520.824090245157-0.02082250940420.2397274398840.00364949469024-0.4738745388470.3541060333361.278480342170.06128057549830.1422099317670.45442688223-0.06747979867230.928678565077-15.30582105868.047764059535.94448741384
31.6896444133-1.69620229966-0.04319919920373.49494354256-0.9762418741123.90687244829-0.423195686480.0489085828086-0.9009219907860.449846896371-0.1485274477030.487317972380.992375892022-1.021972068670.5110040017771.17829380742-0.3742225318360.4237535834510.675004100654-0.2467203373691.00703606936-21.1874620031-15.8135351859-9.27265082449
41.523573757250.0298713938948-0.1278136899732.92968587770.9027428325231.494174355760.1557075998090.7046009445710.646906707116-0.57555179369-0.4034910031570.266620107494-0.523674524702-0.1010216786340.2581951172160.800622781732-0.00317124281123-0.2164148402251.004466508080.2515662020340.786240740274-16.887057282128.2991979454-43.1353329306
56.11588038162-2.28107528998-1.701063703743.738606584550.1900489330161.270446656840.2288586855712.019267650680.77561643256-0.649223558381-0.4724361924190.251963495169-0.459796065181-0.5222413403370.2100803575851.08664749519-0.141414222192-0.2598721245421.190556377820.298494768810.788017575252-20.24085817327.9042418984-46.1133955191
62.34506038325-0.210463346347-0.5177287881582.48793927695-0.8687777229471.620966256720.04894391483551.80307681380.678841447835-1.04478791555-0.1641866764520.1593379560690.0743531010197-0.07140378579990.1311992266211.14906180543-0.100695362315-0.2000105432611.824862367440.2252288399160.830828483653-10.148722870518.1406218632-58.3814391867
75.88667851563-1.934008375731.333650721891.26375658425-1.242536597851.41905269402-0.3280541907720.2809845645710.6238465730460.5645517035740.0143181636954-0.0674014847003-0.308105491972-0.05976501800030.3118270775850.719398037267-0.162246252862-0.04610081889770.480179840757-0.02471421876890.594065283899-24.141290747720.1583871522-23.1140899398
81.08097962589-1.21593899461-0.9919459988743.26310004318-0.2737833301771.64389037470.1494953854290.919020757207-0.815141030952-0.336043217386-0.4601199546820.7080819957860.714257311946-0.5989676697470.3034178825551.11030070587-0.3103383845410.0748635430881.2693940504-0.6993475607031.27595864259-13.3336279698-29.6772473979-43.9121938777
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101.915583101522.015411046122.552767041153.05429630842.515866211863.194293837490.327631680149-0.184875304753-1.776245738120.597343332689-0.254996172947-0.6327846701731.52852137585-0.55300989957-0.0700252515791.59936084495-0.2370941967130.3022625917710.749774093631-0.1226649721731.448580032252.17619287299-45.5999283265-23.6535358863
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 100 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 416 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 417 through 498 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 169 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 170 through 276 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 277 through 416 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 417 through 498 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 11 through 197 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 198 through 276 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 277 through 351 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 352 through 416 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 417 through 463 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 464 through 498 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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