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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w18 | ||||||
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タイトル | Complex structure of alginate lyase PyAly with M5 | ||||||
![]() | Alginate lyase | ||||||
![]() | LYASE / PL7 family / alginate lyase / complex | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, W.Z. / Lyu, Q.Q. / Zhang, K.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Determination of oligosaccharide product distributions of PL7 alginate lyases by their structural elements. 著者: Zhang, K. / Li, Z. / Zhu, Q. / Cao, H. / He, X. / Zhang, X.H. / Liu, W. / Lyu, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 705.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 710.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w12C ![]() 7w13C ![]() 7w16C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26963.125 Da / 分子数: 1 / 変異: H125A, Y223A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES sodium, propanol, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 1283 / Rpim(I) all: 0.386 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.46 Å2 / Biso mean: 15.127 Å2 / Biso min: 2.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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