ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0049精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.241 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1926 | 1706 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1425 | - | - | - |
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obs | 0.145 | 32045 | 98.9 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 99.85 Å2 / Biso mean: 22.158 Å2 / Biso min: 4.02 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.14 Å2 | 0.07 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.14 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.44 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2061 | 0 | 31 | 123 | 2215 |
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Biso mean | - | - | 28.73 | 30.31 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 264 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.022 | 0.019 | 2159 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.307 | 1.96 | 2932 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg8.321 | 5 | 267 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg39.812 | 25.347 | 101 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg15.678 | 15 | 346 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg24.681 | 15 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.184 | 0.2 | 314 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.009 | 0.021 | 1665 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr7.196 | 3 | 2159 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_free22.471 | 5 | 34 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_bonded18.458 | 5 | 2195 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.277 | 134 | - |
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Rwork | 0.183 | 2005 | - |
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all | - | 2139 | - |
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obs | - | - | 86.92 % |
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