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- PDB-7w15: Crystal Structure of MPH-E in complex with GTP and Erythromycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w15
タイトルCrystal Structure of MPH-E in complex with GTP and Erythromycin
要素Macrolide 2'-phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / Antibotic resistance
機能・相同性Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / GTP binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / ERYTHROMYCIN A / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Aminoglycoside phosphotransferase
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Qi, Q. / Kuang, L. / Jiang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2019YJ0083 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Acinetobacter baumannii Macrolide Phosphotransferases E Reveal the Novel Catalysis Mechanism
著者: Qi, Q. / Kuang, L. / Jiang, Y.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Macrolide 2'-phosphotransferase
A: Macrolide 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,08314
ポリマ－69,2392
非ポリマー2,84412
水15,006833
1
B: Macrolide 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1348
ポリマ－34,6201
非ポリマー1,5147
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
2
A: Macrolide 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9506
ポリマ－34,6201
非ポリマー1,3305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.620, 50.278, 97.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 293 or resid 301 through 302))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETVALVALAB1 - 2931 - 293
d_12ERYERYERYERYAJ401
d_13GTPGTPGTPGTPAK402
d_21METMETVALVALBA1 - 2931 - 293
d_22ERYERYERYERYBC401
d_23GTPGTPGTPGTPBD402

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase / Mph(E)/Mph(G) family / Mph(E) family macrolide 2'- ...Macrolide 2'-phosphotransferase / Mph(E)/Mph(G) family / Mph(E) family macrolide 2'-phosphotransferase / Mph(E) macrolide 2'-phosphotransferase / Mph2 / Putative aminoglycoside phosphotransferase


分子量: 34619.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: mph(E)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A5Y459

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非ポリマー , 5種, 845分子

#2: 化合物 ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン


分子量: 733.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H67NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: O.O8 M Mggnesium acetate tetrahydrate; 0.05 M sodium cacodylate pH6.5; 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 72216 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3600 / CC1/2: 0.872 / Rrim(I) all: 0.517 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→34.85 Å / SU ML: 0.1681 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.1932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 2000 2.79 %
Rwork0.1879 69722 -
obs0.1881 71722 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→34.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4716 0 184 833 5733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01324994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35526793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.5344782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.10241841
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.599001571713 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.820.22511400.22464778X-RAY DIFFRACTION96.17
1.82-1.870.22131380.21834928X-RAY DIFFRACTION98.5
1.87-1.920.22871380.21574904X-RAY DIFFRACTION98.63
1.92-1.980.22571400.21444941X-RAY DIFFRACTION99.22
1.98-2.050.21651450.20344948X-RAY DIFFRACTION99.3
2.05-2.140.22121400.20154947X-RAY DIFFRACTION99.34
2.14-2.230.23291450.20044998X-RAY DIFFRACTION99.73
2.23-2.350.20931460.19914989X-RAY DIFFRACTION99.67
2.35-2.50.23521430.19985021X-RAY DIFFRACTION99.75
2.5-2.690.20351470.19894970X-RAY DIFFRACTION99.69
2.69-2.960.20181390.20325037X-RAY DIFFRACTION99.71
2.96-3.390.1951450.18175030X-RAY DIFFRACTION99.85
3.39-4.270.16481440.16175066X-RAY DIFFRACTION99.96
4.27-34.850.16271500.1645165X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.93796165461 Å / Origin y: -13.3804685763 Å / Origin z: 24.8057055858 Å
111213212223313233
T0.11292704633 Å20.0187684382607 Å20.0159018797431 Å2-0.122158133222 Å20.00610689847768 Å2--0.101895290704 Å2
L0.12320684668 °2-0.0927177290808 °20.103803961849 °2-0.300846919447 °2-0.00428965379427 °2--0.243328323104 °2
S-0.0272133535351 Å °-0.0319201583533 Å °-0.00716862002008 Å °0.0459676701285 Å °0.0159642603309 Å °0.0315704767651 Å °-0.0250056461972 Å °-0.0475880297584 Å °-7.23908587347E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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