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- PDB-7w0w: The novel membrane-proximal sensing mechanism in a broad-ligand b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w0w
タイトルThe novel membrane-proximal sensing mechanism in a broad-ligand binding chemoreceptor McpA of Bacillus velezensis
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードPROTEIN BINDING / Chemoreceptor / Ligand-binding domain / dCache / Malic acid
機能・相同性ACETATE ION / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus velezensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.247 Å
データ登録者Feng, H.C. / Shen, Q.R. / Zhang, R.F.
資金援助2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900080
Other government2019M651847
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Signal binding at both modules of its dCache domain enables the McpA chemoreceptor of Bacillus velezensis to sense different ligands.
著者: Feng, H. / Lv, Y. / Krell, T. / Fu, R. / Liu, Y. / Xu, Z. / Du, W. / Shen, Q. / Zhang, N. / Zhang, R.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1678
ポリマ－46,6132
非ポリマー5546
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15180 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)180.161, 32.855, 57.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 253 - 382 / Label seq-ID: 40 - 169

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 23306.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus velezensis (バクテリア)
株: SQR9 / 遺伝子: IPZ53_14355, JKJ03_14450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U2PGC4

-
非ポリマー , 5種, 113分子

#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085M sodium acetate pH 4.6, 25.5 % PEG 4000, 15 % glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.247→50 Å / Num. obs: 17195 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.477 / Num. unique obs: 821

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6pxy

6pxy


解像度: 2.247→48.756 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.186 / SU B: 6.417 / SU ML: 0.152 / Average fsc free: 0.9042 / Average fsc work: 0.9261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 870 5.073 %
Rwork0.1825 16280 -
all0.185 --
obs-17150 99.547 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 47.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.827 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.438 Å20 Å2
3---4.265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.247→48.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2299 0 37 107 2443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.6633218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2761.5975234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.835286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.79824.5120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95515445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.591159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.170.22059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0980.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1660.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1850.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7444.631143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.734.6241140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1346.921422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1336.9231423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9125.1381243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9115.1411244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5167.4291794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5147.4321795
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.15554.3212741
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.15754.2582731
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1180.054157
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.118230.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.118230.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.247-2.3060.283730.2681127X-RAY DIFFRACTION95.0872
2.306-2.3690.36710.2441135X-RAY DIFFRACTION99.4229
2.369-2.4370.287600.2191100X-RAY DIFFRACTION99.9139
2.437-2.5120.268630.2151102X-RAY DIFFRACTION100
2.512-2.5950.285470.181045X-RAY DIFFRACTION100
2.595-2.6860.282320.1771050X-RAY DIFFRACTION100
2.686-2.7870.296640.216997X-RAY DIFFRACTION100
2.787-2.9010.229510.187951X-RAY DIFFRACTION100
2.901-3.030.252400.18938X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.1770.176390.172880X-RAY DIFFRACTION100
3.177-3.3490.222500.176836X-RAY DIFFRACTION99.8873
3.349-3.5520.246480.166788X-RAY DIFFRACTION100
3.552-3.7970.2430.168754X-RAY DIFFRACTION100
3.797-4.10.247380.159720X-RAY DIFFRACTION99.8682
4.1-4.4910.152310.139653X-RAY DIFFRACTION100
4.491-5.0190.153270.147599X-RAY DIFFRACTION100
5.019-5.7920.314260.189548X-RAY DIFFRACTION100
5.792-7.0870.23290.214452X-RAY DIFFRACTION100
7.087-9.9920.272280.179369X-RAY DIFFRACTION100
9.992-48.7560.231100.285236X-RAY DIFFRACTION98.7952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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