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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w0s | ||||||
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Title | TRIM7 in complex with C-terminal peptide of 2C | ||||||
![]() |
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![]() | ANTIVIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() antiviral innate immune response / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Liang, X. / Li, X.Z. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: A C-terminal glutamine recognition mechanism revealed by E3 ligase TRIM7 structures. Authors: Liang, X. / Xiao, J. / Li, X. / Liu, Y. / Lu, Y. / Wen, Y. / Li, Z. / Che, X. / Ma, Y. / Zhang, X. / Zhang, Y. / Jian, D. / Wang, P. / Xuan, C. / Yu, G. / Li, L. / Zhang, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 381.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 258.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 498.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 503.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7w0qC ![]() 7w0tC ![]() 7x6yC ![]() 7x6zC ![]() 7x70C ![]() 6umaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 6 molecules BCEADF
#1: Protein | Mass: 19689.295 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9C029, RING-type E3 ubiquitin transferase #2: Protein/peptide | Mass: 1078.215 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 685 molecules ![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-NO3 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: liquid diffusion / Details: PEG 3350, potassium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 6, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→42.68 Å / Num. obs: 107169 / % possible obs: 91.58 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 14.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.89 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 6515 / CC1/2: 0.902 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6uma Resolution: 1.4→42.34 Å / SU ML: 0.1189 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 16.7155 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→42.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 6.77917058983 Å / Origin y: -16.8107987031 Å / Origin z: 20.2705303866 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |