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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w05 | ||||||
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タイトル | 12 mutant Ribonuclease from Hericium erinaceus GMP binding form | ||||||
要素 | Ribonuclease T1 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / catalytic activity enzyme anti tumor activity nucleic acid binding RNA binding | ||||||
機能・相同性 | : / Ribonuclease/ribotoxin / RNA nuclease activity / RNA binding / metal ion binding / GUANOSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ribonuclease T1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hericium erinaceus (ヤマブシタケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å | ||||||
データ登録者 | Takebe, K. / Chida, T. / Suzuki, M. / Itagaki, T. / Morita, Y. / Uzawa, N. / Kobayashi, H. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 12 mutant Ribonuclease from Hericium erinaceus GMP binding form 著者: Takebe, K. / Chida, T. / Suzuki, M. / Uzawa, N. / Kobayashi, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w05.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w05.ent.gz | 54 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w05.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w05_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w05_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7w05_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w05_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/7w05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/7w05 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ls1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10703.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hericium erinaceus (ヤマブシタケ) 遺伝子: RNHe1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1Q4V2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Cadmium chloride hydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% v/v Polyethylene glycol 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→46.31 Å / Num. obs: 22027 / % possible obs: 98.77 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 33.78 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.21 Å / Num. unique obs: 1444 / CC1/2: 0.821 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LS1 解像度: 1.29→11.9947 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.79 Å2 / Biso mean: 15.4588 Å2 / Biso min: 6.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.29→11.9947 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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