PDB-7vzu: The structure of GdmN Y82F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vzu

タイトル

The structure of GdmN Y82F mutant

要素

GdmN

キーワード

TRANSFERASE / Homodimer / Carbamoyltransferase / Ansamycins antibiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / catalytic activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wei, J. / Zheng, J. / Zhou, J. / Kang, Q. / Bai, L.

資金援助

7件

組織	認可番号	国
Other government	2019YFA0905400
Other government	2021YFC2100600
Other government	31830104
Other government	31800023
Other government	31801036
Other government	U1703236
Other government	17JC1403600

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Endowing homodimeric carbamoyltransferase GdmN with iterative functions through structural characterization and mechanistic studies.
著者: Wei, J. / Zhang, X. / Zhou, Y. / Cheng, X. / Lin, Z. / Tang, M. / Zheng, J. / Wang, B. / Kang, Q. / Bai, L.

履歴

登録	2021年11月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vzu.cif.gz	335.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vzu.ent.gz	216.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vzu_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vzu_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	7vzu_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	7vzu_validation.cif.gz	66.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/7vzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/7vzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vx0C 7vyjC 7vyoC 7vypC 7vznC 7vzqC 7vzyC 7vzzC 3venS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GdmN

B: GdmN

ヘテロ分子

154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.692, 111.692, 231.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	GdmN 分子量: 76520.984 Da / 分子数: 2 / 変異: Y82F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 遺伝子: gdmN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84G19
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Lithium sulfate monohydrate, Polyethylene glycol 3,350, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 75086 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 29.188
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.388 / Num. unique obs: 3675 / R_sym value: 0.388

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VEN

3ven

解像度: 2.3→35.83 Å / SU ML: 0.2645 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1065
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	3736	4.99 %
R_work	0.1824	71098	-
obs	0.1846	74834	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10391	0	51	292	10734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	10681
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8896	14522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519	1603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6595	1497

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.2692	150	0.2219	2523	X-RAY DIFFRACTION	97.31
2.33-2.36	0.2999	147	0.2207	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.36-2.39	0.3189	155	0.218	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.39-2.43	0.2869	150	0.2073	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.43-2.46	0.2451	123	0.2144	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.46-2.5	0.3013	134	0.2064	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.54	0.2486	129	0.206	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.59	0.2638	121	0.204	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.2327	159	0.207	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.2921	152	0.2141	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.2697	138	0.2114	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.8	0.2904	140	0.217	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.86	0.3135	107	0.2175	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.93	0.2886	121	0.2215	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.01	0.2537	133	0.2148	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.1	0.3138	135	0.2194	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.2	0.2522	122	0.2226	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.32	0.265	127	0.221	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.45	0.2635	144	0.1965	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.61	0.2124	151	0.1837	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.8	0.199	158	0.1633	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.03	0.2003	131	0.1596	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.34	0.1403	153	0.1392	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.78	0.1523	116	0.1279	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.47	0.1816	144	0.1417	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-6.88	0.218	150	0.1695	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
6.89-35.83	0.1733	146	0.1428	2823	X-RAY DIFFRACTION	98.67

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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