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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vzs | ||||||
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タイトル | FAD-dpendent Glucose Dehydrogenase complexed with an inhibitor at pH7.56 | ||||||
![]() | GMC oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / glucose dehydrogenase / reduced enzyme / FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakajima, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational change of catalytic residue in reduced enzyme of FAD-dependent Glucose Dehydrogenase at pH6.5 著者: Nakajima, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vkdC ![]() 7vkfC ![]() 7vzpC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 AB![](data/chem/img/DGO.gif)
![](data/chem/img/DGO.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 61678.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-DGO / |
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-非ポリマー , 5種, 745分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.56 詳細: PEG 10000, HEPES Na buffer, soaking a crystal in a crystallization solution containing 1 M D-glucal |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 92885 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9552 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.077 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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