PDB-7vza: The crystal structure of Non-hydrolyzing UDPGlcNAc 2-epimerase in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vza

タイトル

The crystal structure of Non-hydrolyzing UDPGlcNAc 2-epimerase in complex with UDP

要素

Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase / UDP-sugars

機能・相同性

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces kasugaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Li, T.L. / Rattinam, R.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biomedicines / 年: 2022
タイトル: KasQ an Epimerase Primes the Biosynthesis of Aminoglycoside Antibiotic Kasugamycin and KasF/H Acetyltransferases Inactivate Its Activity.
著者: Rattinam, R. / Basha, R.S. / Wang, Y.L. / Wang, Z.C. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Zadeh, S.M. / Adhikari, K. / Lin, J.P. / Li, T.L.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vza.cif.gz	576.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vza.ent.gz	456.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vza_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vza_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	7vza_validation.xml.gz	99.3 KB	表示
CIF形式データ	7vza_validation.cif.gz	135.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/7vza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/7vza	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7vyyC 7vz6C 1vgvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

C: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

D: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

E: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

F: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

G: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

H: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

333 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

G: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

C: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

E: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

D: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

F: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

H: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
333 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.820, 104.770, 106.314
Angle α, β, γ (deg.)	74.536, 73.051, 68.390
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 0 - 374 / Label seq-ID: 1 - 375

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase 分子量: 41208.227 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces kasugaensis (バクテリア) 遺伝子: kasQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1H2R6
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis tris pH5.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→19.895 Å / Num. obs: 91395 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.4 % / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.68 Å / Num. unique obs: 91395 / R_rim(I) all: 0.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.0	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VGV

1vgv

解像度: 2.58→19.895 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 13.216 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: NONE / ESU R Free: 0.341 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	4644	5.081 %
R_work	0.2098	86751	-
all	0.212	-	-
obs	-	91395	93.946 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.239 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.417 Å²	-0.312 Å²	0.101 Å²
2-	-	-0.371 Å²	0.044 Å²
3-	-	-	-0.098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→19.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22203	0	208	334	22745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	22791
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	22167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.66	30982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	1.578	50781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.468	5	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.582	19.405	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.815	15	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.649	15	293
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	25425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	20281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	10798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	11222
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.362	4.573	11494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.362	4.573	11493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.185	6.849	14308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.185	6.85	14309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.624	5.068	11297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.624	5.069	11296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.845	7.417	16674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.844	7.417	16675
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.399	53.541	23588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.4	53.55	23558
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.061	0.05	11165
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.067	0.05	11008
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.057	0.05	11207
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.064	0.05	11066
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.063	0.05	11153
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.071	0.05	11078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.066	0.05	11102
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.058	0.05	11073
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.065	0.05	11149
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.065	0.05	11155
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.063	0.05	11100
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.067	0.05	11022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.067	0.05	11118
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.068	0.05	11021
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.068	0.05	10985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.063	0.05	10987
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.07	0.05	10962
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.074	0.05	10947
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.068	0.05	11050
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.057	0.05	11142
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.06	0.05	11077
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.071	0.05	11080
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.064	0.05	11015
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.074	0.05	10990
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.066	0.05	10994
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.068	0.05	11073
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.068	0.05	11115
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.076	0.05	10943

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0609	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0609	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06744	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06744	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05737	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05737	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06403	0.05009
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06403	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06321	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06321	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07108	0.05009
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07108	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06576	0.05009
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06576	0.05009
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05841	0.05009
8	16	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05841	0.05009
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06476	0.05009
9	18	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06476	0.05009
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0653	0.05009
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0653	0.05009
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06292	0.05009
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06292	0.05009
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0668	0.05009
12	24	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0668	0.05009
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06698	0.05009
13	26	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06698	0.05009
14	27	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0684	0.05009
14	28	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0684	0.05009
15	29	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06835	0.05009
15	30	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06835	0.05009
16	31	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06311	0.05009
16	32	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06311	0.05009
17	33	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07004	0.05009
17	34	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07004	0.05009
18	35	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07363	0.05009
18	36	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07363	0.05009
19	37	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06774	0.05009
19	38	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06774	0.05009
20	39	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05684	0.05009
20	40	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05684	0.05009
21	41	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05998	0.05009
21	42	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05998	0.05009
22	43	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07078	0.05009
22	44	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07078	0.05009
23	45	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06436	0.05009
23	46	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06436	0.05009
24	47	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07401	0.05009
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07401	0.05009
25	49	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06645	0.05009
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06645	0.05009
26	51	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06826	0.05009
26	52	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06826	0.05009
27	53	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06817	0.05009
27	54	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06817	0.05009
28	55	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07641	0.05009
28	56	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07641	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.58-2.6	0.34	197	0.307	4114	X-RAY DIFFRACTION	59.6843
2.6-2.647	0.199	103	0.162	1858	X-RAY DIFFRACTION	98.8906
2.647-2.68	0.275	49	0.251	830	X-RAY DIFFRACTION	79.4756
2.68-2.719	0.323	303	0.296	5426	X-RAY DIFFRACTION	81.6562
2.719-2.798	0.327	333	0.284	6001	X-RAY DIFFRACTION	93.106
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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