PDB-7vz6: The crystal structure of Non-hydrolyzing UDPGlcNAc 2-epimerase in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vz6

タイトル

The crystal structure of Non-hydrolyzing UDPGlcNAc 2-epimerase in complex with UDP-glucose

要素

Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase / UDP-sugars

機能・相同性

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / nucleotide binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces kasugaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.092 Å

データ登録者

Li, T.L. / Rattinam, R.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biomedicines / 年: 2022
タイトル: KasQ an Epimerase Primes the Biosynthesis of Aminoglycoside Antibiotic Kasugamycin and KasF/H Acetyltransferases Inactivate Its Activity.
著者: Rattinam, R. / Basha, R.S. / Wang, Y.L. / Wang, Z.C. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Zadeh, S.M. / Adhikari, K. / Lin, J.P. / Li, T.L.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vz6.cif.gz	615.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vz6.ent.gz	484.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vz6_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vz6_full_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示
XML形式データ	7vz6_validation.xml.gz	113.5 KB	表示
CIF形式データ	7vz6_validation.cif.gz	162.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/7vz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/7vz6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7vyyC 7vzaC 1vgvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

C: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

D: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

E: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

F: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

G: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

H: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

344 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

E: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

F: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

G: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

H: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

C: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

D: Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.833, 104.941, 106.840
Angle α, β, γ (deg.)	74.867, 72.918, 68.076
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: -1 - 374 / Label seq-ID: 1 - 376

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
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9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase 分子量: 42388.500 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces kasugaensis (バクテリア) 遺伝子: kasQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1H2R6
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis tris pH 5.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→21.56 Å / Num. obs: 176474 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.2 % / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 176474 / R_rim(I) all: 0.057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vgv

1vgv

解像度: 2.092→21.558 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 5.184 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2278	8824	5 %
R_work	0.2008	167650	-
all	0.202	-	-
obs	-	176474	95.09 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.119 Å²	0.018 Å²	0.108 Å²
2-	-	0.052 Å²	0.02 Å²
3-	-	-	-0.096 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.092→21.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22403	0	295	1499	24197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	23095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	22416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.65	31420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.558	1.573	51402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.585	5	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.758	19.398	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.3	15	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.456	15	294
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	25674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	20565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.148	0.2	11185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	11062
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.168	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.532	2.792	11618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.53	2.791	11617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.749	4.166	14470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.75	4.166	14471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.305	3.287	11477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.305	3.287	11478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.225	4.751	16950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.225	4.751	16951
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.12	33.44	24837
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.077	33.262	24528
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	11108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.072	0.05	11148
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.076	0.05	11214
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.068	0.05	11401
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.079	0.05	11213
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.068	0.05	11280
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.084	0.05	11331
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.088	0.05	11051
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.086	0.05	11083
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.083	0.05	11024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.088	0.05	11040
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.081	0.05	11035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.09	0.05	10915
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.08	0.05	11129
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.073	0.05	11067
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.072	0.05	11158
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.071	0.05	11066
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.085	0.05	10997
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.078	0.05	11041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.086	0.05	11146
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.074	0.05	11078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.087	0.05	10989
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.073	0.05	11108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.072	0.05	11264
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.078	0.05	11222
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.069	0.05	11139
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.077	0.05	11144
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.081	0.05	11102

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08273	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08273	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07199	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07199	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07618	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07618	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0675	0.05009
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0675	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07908	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07908	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06788	0.05009
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06788	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08374	0.05008
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08374	0.05008
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08762	0.05009
8	16	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08762	0.05009
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0864	0.05009
9	18	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0864	0.05009
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08272	0.05009
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08272	0.05009
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08838	0.05009
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08838	0.05009
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08071	0.05009
12	24	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08071	0.05009
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09043	0.05008
13	26	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09043	0.05008
14	27	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08011	0.05009
14	28	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08011	0.05009
15	29	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07321	0.05009
15	30	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07321	0.05009
16	31	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07229	0.05009
16	32	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07229	0.05009
17	33	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07123	0.05009
17	34	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07123	0.05009
18	35	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08504	0.05008
18	36	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08504	0.05008
19	37	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07752	0.05009
19	38	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07752	0.05009
20	39	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08579	0.05009
20	40	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08579	0.05009
21	41	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07384	0.05009
21	42	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07384	0.05009
22	43	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0869	0.05008
22	44	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0869	0.05008
23	45	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07339	0.05009
23	46	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07339	0.05009
24	47	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07221	0.05009
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07221	0.05009
25	49	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07775	0.05008
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07775	0.05008
26	51	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06856	0.05009
26	52	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06856	0.05009
27	53	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07706	0.05009
27	54	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07706	0.05009
28	55	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08142	0.05008
28	56	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08142	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.092-2.146	0.271	537	0.259	10358	X-RAY DIFFRACTION	79.9047
2.146-2.205	0.281	617	0.251	11900	X-RAY DIFFRACTION	94.1765
2.205-2.269	0.253	610	0.242	11782	X-RAY DIFFRACTION	95.2864
2.269-2.338	0.271	559	0.235	11578	X-RAY DIFFRACTION	96.5399
2.338-2.414	0.255	582	0.22	11212	X-RAY DIFFRACTION	96.7514
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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