[日本語] English
万見
- PDB-7vyx: Crystal structure of the selenomethionine(SeMet)-derived Cas12c1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vyx
タイトルCrystal structure of the selenomethionine(SeMet)-derived Cas12c1 (D969A) ternary complex
要素
  • Non-target DNA strand
  • Selenomethionine (SeMet)-labeled Cas12c1 D969A mutant
  • Target DNA strand
  • sgRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Cas12c / Cas12c1 / CRISPR / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA COMPLEX
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Parasutterella muris (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, B. / Lin, J.Y. / Perculija, V. / OuYang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770948 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into target DNA recognition and cleavage by the CRISPR-Cas12c1 system
著者: Zhang, B. / Lin, J. / Perculija, V. / Li, Y. / Lu, Q. / Chen, J. / Ouyang, S.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.details / _entity.pdbx_mutation ..._entity.details / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Selenomethionine (SeMet)-labeled Cas12c1 D969A mutant
B: Selenomethionine (SeMet)-labeled Cas12c1 D969A mutant
C: sgRNA
D: sgRNA
E: Target DNA strand
F: Target DNA strand
G: Non-target DNA strand
H: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,27910
ポリマ－421,1498
非ポリマー1312
水00
1
A: Selenomethionine (SeMet)-labeled Cas12c1 D969A mutant
C: sgRNA
E: Target DNA strand
G: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,6405
ポリマ－210,5744
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13910 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area76090 Å2
手法PISA
2
B: Selenomethionine (SeMet)-labeled Cas12c1 D969A mutant
D: sgRNA
F: Target DNA strand
H: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,6405
ポリマ－210,5744
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13730 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area74850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.127, 149.850, 173.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Selenomethionine (SeMet)-labeled Cas12c1 D969A mutant


分子量: 150174.516 Da / 分子数: 2 / 変異: D969A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_251451673.1
由来: (組換発現) Parasutterella muris (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 sgRNA


分子量: 43743.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 Target DNA strand


分子量: 9548.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 Non-target DNA strand


分子量: 7107.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.2), 16% polyethylene glycol 3350 (w/v), 0.02 M citric acid, 0.05 M lithium acetate dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 78406 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 7804 / CC1/2: 0.493 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13-2998位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.823 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.577 / ESU R Free: 0.66 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2924 2973 4.8 %RANDOM
Rwork0.2557 ---
obs0.2575 59278 79.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 73.493 Å2 / Biso min: 8.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å2-0 Å20.22 Å2
2--1.63 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18902 5561 2 0 24465
Biso mean--70.51 --
残基数----2668
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 30 -
Rwork0.308 715 -
all-745 -
obs--13.02 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る